一、PCR-SSCP灵敏度的影响因素(论文文献综述)
张闪闪[1](2021)在《Lnc00055280调控鸡腹部前体脂肪细胞的功能及遗传效应研究》文中研究指明随着肉鸡选育技术的不断提高,肉鸡生产效益得到大幅增长,同时也伴随着其新陈代谢紊乱、腹脂含量过高等负面现象的出现。腹部脂肪是脂肪沉积的最主要的部位,鸡腹部脂肪的过度沉积,一方面会造成饲料的浪费,另一方面过多的腹脂在屠宰时会被当作废弃物丢弃,降低屠宰率和经济效益。因此,现代家禽品系中腹部脂肪过度沉积的问题,已成为制约家禽产业发展的重要因素。另外,鸡的脂肪沉积除了受到品种、日龄、性别、日粮、饲养管理方式和生活环境等的影响外,还受到一些基因的调控。本课题组前期研究发现,Lnc00055280在分化前后的鸡腹部前体脂肪细胞中差异表达,预示其可能参与调控鸡腹部脂肪沉积,但是其调控鸡腹脂沉积的功能和作用机制尚不清楚。因此,本试验以和盈黑鸡为试验材料,通过抑制Lnc00055280的表达,分析其在脂肪前体细胞增殖和分化过程中的功能。并利用RT-PCR技术检测Lnc00055280在和盈黑鸡不同组织中的分布及其在脂肪组织不同发育时期的表达规律。利用PCR-SSCP结合DNA测序技术检测Lnc00055280的变异性,分析其对鸡重要经济性状的遗传效应。主要结果如下:1、为了研究Lnc00055280在鸡腹部脂肪沉积过程中的功能,设计Lnc00055280的干扰序列,转染鸡的脂肪前体细胞,诱导分化后,检测分化关键基因PPARγ和FAS的表达。结果发现,分化第2天时,干扰组的PPARγ基因的表达水平均高于对照组;分化第0、2、6天时,干扰组的FAS基因的表达水平均高于对照组,分化第4天时干扰组的FAS表达水平极显着高于对照组。油红O及甘油三酯结果显示,对照组的甘油三酯含量显着低于干扰组。EdU结果显示Lnc0055280干扰组与对照组相比细胞增殖速度加快上述结果表明Lnc00055280对鸡前体脂肪细胞的增殖分化具有抑制作用。2、利用荧光定量PCR技术检测检测了 Lnc00055280在和盈黑鸡公母鸡各组织中的分布和在腹脂组织中的发育规律。结果发现,Lnc00055280在胸肌组织中的表达量最高,在腹脂组织中有较高的表达;在不同发育时期腹脂组织中表达谱结果显示,Lnc00055280在和盈黑鸡公母鸡腹脂组织中的表达整体呈先升高再降低的趋势,在母鸡8周龄时表达量达到最高,公鸡12周龄时表达量达到最大值。3、利用PCR-SSCP结合DNA测序技术在Lnc00055280的1152bp处检测到一处A→T(g.A1152T)的变异,形成了 AA、BB和AB三种基因型。使用SPSS软件对该变异位点与和盈黑鸡的屠体性状进行关联分析,结果发现在屠体性状上BB基因型的活重、全净膛重和半净膛重性状显着高于AB基因型;在腹脂重指标上,AA基因型个体显着高于AB基因型。综上表明,BB基因型为和盈黑鸡屠体性状的有利基因型,推测该变异位点可以为和盈黑鸡的分子辅助育种提供参考依据。
张庆,赵晓美,王娉,刘冰,陈颖[2](2021)在《食品中产毒真菌核酸检测方法的研究进展》文中认为食品中最常见的产毒真菌主要包括黄曲霉、赭曲霉、青霉属和镰刀菌属等,能够对人和动物机体造成不可逆转的伤害甚至死亡。针对产毒真菌检测可在毒素形成早期预测其产毒性能,为前置化干预毒素危害提供技术支撑,概述了近年来应用于食品中产毒真菌检测的常规PCR方法、实时荧光定量PCR方法和DNA指纹图谱方法、DNA条形码方法等,并对未来产毒真菌检测方法的发展趋势进行了展望。
肖丹,钟选芳,许岸高[3](2015)在《APC、p53、K-ras在结直肠肿瘤检测中的研究价值》文中指出目的采用聚合酶链反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)银染法检测腺瘤多发性息肉病(APC)、p53、K-ras三个基因在结直肠肿瘤筛查中的敏感性和特异性。方法选择2011年11月至2012年8月惠州市第一人民医院消化门诊收治的14例结直肠癌(CRC组),60例结直肠腺瘤(CRA组),30例正常组粪便标本,提取DNA,PCR-SSCP银染法检测基因突变。结果 APC、p53、K-ras三个基因联合检测在CRC组、CRA组、正常组突变率分别为57.1%(8/14)、30.0%(18/60)、3.3%(1/30);在结直肠肿瘤的灵敏度和特异度分别为35.1%(26/74)、96.7%(29/30),粪便DNA联合检测CRC组、CRA组的检出率高于正常组(均P<0.05)。结论粪便DNA联合检测在无创性筛查结直肠肿瘤中具有可行性,可能是一种适合于结直肠肿瘤筛查的无创性方法和筛查模式。
郭晓红[4](2013)在《猪载脂蛋白A5基因克隆、表达与遗传变异的研究》文中研究说明脂肪性状是影响猪肉品质的一个重要的经济性状。研究表明,载脂蛋白A5(Apolipoprotein A5,ApoA5)存在于机体血浆极低密度脂蛋白、高密度脂蛋白和乳糜微粒中。ApoA5基因不仅在结合、转运脂质及稳定脂蛋白的结构上具有重要作用,而且还调节脂蛋白代谢关键酶活性,参与脂蛋白受体的识别,在脂类代谢中发挥极为重要的功能。1.试验采用RT-PCR与RACE方法,以马身猪为试验材料,克隆了猪ApoA5基因的全长cDNA序列,该序列的NCBI登录号为HM991258。该基因cDNA全长1917 bp,开放阅读框(ORF)为1092 bp,编码364个氨基酸残基的成熟蛋白,预测其蛋白分子量为41.15 kDa。该基因包括1个启动密码子(ATG),1个终止密码子(TAA),3个poly A加尾信号(AATAAA),24 bp的5′端非翻译区(5′-UTR)和801 bp的3′端非翻译区(3′-UTR)。猪ApoA5基因的克隆与序列研究,将为进一步研究该基因的生物学功能提供分子理论基础。2.运用生物信息学方法,预测和分析了猪ApoA5基因编码蛋白的理化特性、翻译后的修饰位点、功能域、二级结构及三级结构等,构建了cDNA序列的NJ无根系统发育树,并对其氨基酸序列进行了同源性比对。分析结果表明,ApoA5属于非跨膜蛋白,ApoA5基因cDNA编码的氨基酸序列没有发现糖基化位点;预测到有6个Ser和4个Thr存在潜在的磷酸化;预测ApoA5蛋白的二级结构中α螺旋占98.07%,无规则卷曲占1.93%;以人的ApoA5蛋白为模板进行同源建模,获得马身猪ApoA5蛋白的理论三维结构。本研究所预测的结果将为ApoA5蛋白相关功能的研究提供一定参考依据。3.采用实时荧光定量PCR方法,分析了ApoA5基因在大白猪和马身猪不同组织中表达差异和60、90、120、150和180d时的肝脏、肌肉、脂肪组织中的表达发育变化规律。检测结果显示:ApoA5基因在肝脏、皮下脂肪、背最长肌、小肠、肾脏、胰脏、心脏和胃等8种组织都表达,且组织之间的表达量存在极显着差异(P<0.01),提示ApoA5基因的表达丰度具有一定的组织特异性;在肝脏中,两品种均是180 d时表达量最高,但60 d150 d间内的发育变化存在显着的品种差异(P<0.01),且大白猪除150 d时显着低于马身猪外,其它各阶段均高于马身猪;ApoA5表达量在60180 d大白猪背最长肌中表现出随日龄逐渐升高的趋势,在180 d时达到最大值,各日龄时间点之间的表达量存在极显着差异(P<0.01)。而马身猪背最长肌ApoA5表达量表现出先升高、降低、后急剧升高的变化模式,马身猪峰值出现早,并在150 d后在此出现急剧上升;ApoA5基因在大白猪和马身猪脂肪组织发育过程中分别呈现下调和上调表达趋势。大白猪表达量峰值出现较早,从60 d后逐渐下降。马身猪表达量峰值出现在三个时间点,即在60 d、120 d、180d时,180 d时达到最高值。两品种间比较,马身猪在各时间点ApoA5表达量均高于大白猪,且差异极显着(P<0.01)。结果提示ApoA5基因可能与猪脂肪代谢与脂肪沉积的调控有关,并可能影响肉质性状。4.试验将ApoA5基因的CDS片段亚克隆至pET32a(+)原核表达载体中,成功构建了猪ApoA5基因的原核表达重组质粒pET32a-ApoA5,重组质粒转化大肠杆菌BL21进行诱导表达。SDS-PAGE电泳结果显示,在IPTG诱导8 h时,外源蛋白表达效率最高;Western-blot检测发现经诱导表达的蛋白产物相对分子质量约为46 kD,与预测的大小一致,融合蛋白表达量占总蛋白的41.2%。研究结果为进一步探究ApoA5蛋白的功能和性质奠定了基础。5.试验采用免疫印迹技术,对不同猪种的各组织中ApoA5基因的蛋白表达水平进行相对定量分析。检测结果显示:ApoA5基因在肝脏、皮下脂肪与小肠组织高表达,在肌肉、心脏、胰脏组织中表达丰度中等,而在其他组织中表达较少。ApoA5基因在大白猪与马身猪各组织中均为肝脏组织表达量最高,且分别极显着高于其它各组织(P<0.01);两品种猪肝脏组织中ApoA5基因表达的发育性变化模式不同。ApoA5基因在马身猪肝脏组织发育过程中呈现下调的表达趋势,马身猪表达量峰值出现较早,从60日龄后逐渐下降。而大白猪ApoA5表达量峰值出现在90日龄,90日龄后,表达量呈现下调趋势。两品种间比较发现,大白猪在90、120、150和180日龄时间点的表达量均高于马身猪,且差异极显着(P<0.01)。结果提示ApoA5基因表达差异与不同经济类型猪种的遗传调控有关。6.试验采用PCR-SSCP技术对马身猪8个猪群体ApoA5基因进行了多态性检测,并采用单变量动物模型进行了多态性与山西白猪生长性状的关联分析。结果显示,ApoA5基因在5’-UTR、Intron 2、Exon/3’-UTR等位点发现存在遗传多态性,表现出共计11个单倍型,本研究所涉及的8个群体均存在较丰富的遗传变异。ApoA5基因的多态性在体重性状(初生重、断奶重、6月龄体重)和体尺性状(体长、体高)以及背膘厚性状方面具有显着的世代效应和性别效应,并初步推断,猪ApoA5基因的多态性与生长性状存在一定的关联性。综上所述,通过对猪ApoA5基因的系统研究,为揭示ApoA5的功能以及ApoA5基因对脂肪代谢的分子遗传调控机制提供了重要的科学依据。
吴井生[5](2013)在《猪繁殖性状相关基因遗传效应及表达规律的研究》文中研究表明猪的繁殖性状,包括初情期、产仔数、初生重等,是现代猪生产中重要的经济性状,繁殖性能的高低直接影响到猪场的生产效率和经济效益;同时,也是一个低遗传力的数量性状,容易受到环境条件的影响。研究猪繁殖性状相关的基因对于揭示影响猪繁殖性能遗传机制和高繁殖力猪的选育具有重要意义。候选基因法是一种定位数量性状基因座(QTL)的主要方法,该方法是依据生物体内已知的或可能的生理生化过程来选择相关基因并对其与表型的关系进行探讨。利用候选基因法定位主效基因在畜禽中已有许多成功的范例,如鸡性连锁矮小基因、猪应激综合征基因、猪雌激素受体基因等。本研究利用候选基因法分析了繁殖性状相关基因FSHβ、FSHR、LHR、PGR、KISS-1、 GPR54与小梅山猪产仔性能的关系。采用混合基因组DNA池与测序技术对上述6个基因的单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism, SNP)进行筛选;采用PCR-SSCP、 PCR-RFLP、错配PCR-RFLP、直接PCR等技术对SNPs进行大规模检测,并与小梅山猪的繁殖性状进行关联分析;采用RQ-PCR技术研究上述6个基因在小梅山猪下丘脑-垂体-性腺轴系统中的表达规律;采用ECLIA技术研究血清中FSH、LH、E2、P4等生殖激素在不同生长发育阶段中的变化规律。主要研究结果如下:1、以猪FSHβ基因为候选基因,对该基因的外显子区域进行扫描,共发现7个SNP。外显子1区域中未检测出突变位点,但在内含子1中检测出1个SNP,即C5807A;外显子2中检测出1个SNP,即C6699T;外显子3中检测出5个SNP,分别为A8753G、C8766T、 T8788C、A8880G、8943del;上述突变位点中,只有C6699T发生在CDS区域内,但未能引起氨基酸的改变,属于同义突变。小梅山猪、枫泾猪和大白猪FSHβ基因中分别有4、4和3个基因位点表现出多态性,并均为中度多态。连锁不平衡分析结果表明,上述7个突变位点间存在强连锁不平衡现象。相关分析结果表明,FSHβ基因FSHβ-1位点的BB型、FSHβ-2位点的DD型、FSHβ-3.1位点的FF型、FSHβ-3.2位点的HH型与单倍型组合H5H5(BDFH/BDFH)对2胎以上或所有胎次小梅山母猪的总产仔数(Total number born, TNB)和产活仔数(Number born alive, NBA)有显着或极显着影响;方差组分分析结果表明,2胎以上或所有胎次小梅山母猪的TNB和NBA的遗传在各位点上主要受到基因的加性效应的影响,单倍型组合H5H5为一个优势组合,可作为猪繁殖性状选育的一个分子标记。2、以猪FSHR基因为候选基因,对该基因的外显子区域进行扫描,共发现6个SNP。外显子1区域内检测到3个SNP,分别为C70T、C74G、C81T;外显子10中检测到3个SNP,分别为C1166T、T1491C、T1977C;其中,C74G的突变导致苏氨酸变为丝氨酸,即Thr13Ser, C1166T导致苏氨酸变为异亮氨酸,即Thr377Ile,其余突变均未能引起氨基酸的改变,属于同义突变。小梅山猪、枫泾猪和大白猪FSHR基因中分别有3、3和4个基因位点表现出多态性,小梅山猪FSHR-1位点为高度多态,其余为中度多态;枫泾猪的3个基因位点均为中度多态;大白猪FSHR-1位点为高度多态,其余为低度多态。相关分析结果表明,FSHR基因FSHR-1位点的AC型、FSHR-10.4位点的BB型、FSHR-10.5位点的DD型与单倍型组合H3H5对2胎以上或所有胎次小梅山母猪的TNB和NBA有显着或极显着影响;方差组分分析结果表明,2胎以上或所有胎次小梅山母猪的TNB和NBA的遗传在FSHR-1位点上主要受到基因显性效应的影响,在FSHR-10.4与FSHR-10.5位点上主要受到基因的加性效应的影响。3、以猪LHR基因为候选基因,对该基因的外显子区域进行扫描,共发现1个SNP。外显子11中1351bp处发生C→T的突变,即C1351T,未引起氨基酸的变化,属于同义突变。小梅山猪中检测出多态性,而枫泾猪和大白猪中未能检测出多态性。相关分析结果表明,LHR基因LHR-11.4位点的MN型对2胎以上或所有胎次小梅山母猪的TNB和NBA有显着或极显着影响;方差组分分析结果表明,2胎以上或所有胎次小梅山母猪的TNB和NBA的遗传在LHR-11.4位点上主要受到基因的显性效应的影响。4、以猪PGR基因为候选基因,对该基因的外显子区域进行扫描,共发现1个SNP。外显子1中1319bp处发生C→T的突变,即C1319T,未引起氨基酸的变化,属于同义突变。小梅山猪、枫泾猪和大白猪PGR基因中均检测出多态性。相关分析结果表明,对2胎以上或所有胎次小梅山母猪中,PGR基因PGR-1.6位点的AB型个体的TNB和NBA比AA型个体均高。5、以猪KISS-1基因为候选基因,对该基因的外显子区域进行扫描,共发现6个SNP。5’区域内检测到1个SNP,即A7G;外显子1中1个SNP,即G41T;内含子1中3个SNP,分别为633inde1、A859G、C1026A;外显子2中1个SNP,即G2343C。小梅山猪、枫泾猪和大白猪KISS-1基因中分别有4、5和5个基因位点表现出多态性,小梅山猪KISS-1基因中4个位点均为中度多态;枫泾猪中,KISS1-4位点为中度多态,其余位点均为低度多态;大白猪中KISS1-5位点为中度多态,其余位点均为低度多态。连锁不平衡分析结果表明,A7G与G41T、A7G与C1026A、G41T与C1026A间存在完全连锁不平衡现象。相关分析结果表明,KISS-1基因KISS1-3位点的AB型、KISS1-4位点的KL型、KISS1-6位点的MN型、KISS1-7位点的PQ型与单倍型组合H1H5(ALNQ/BKMP)对2胎以上或所有胎次小梅山母猪的TNB和NBA有显着或极显着影响;方差组分分析结果表明,2胎以上或所有胎次小梅山母猪的TNB和NBA的遗传在各位点上主要受到基因的显性效应的影响。6、以猪GPR54基因为候选基因,对该基因的外显子区域进行扫描,共发现3个SNP。外显子1中检测出1个SNP,即T245C;内含子2中1个SNP,即1984-1985bp间增加1个碱基C;外显子5中1个SNP,即T3295C,其中,T245C引起氨基酸的改变(亮氨酸→脯氨酸,即Leu35Pro)。小梅山猪、枫泾猪和大白猪GPR54基因中分别有3、2和3个基因位点表现出多态性,小梅山猪与枫泾猪各位点均为中度多态;大白猪GPR54基因中,GPR54-1.1位点为低度多态,其余2个位点为中度多态。连锁不平衡分析结果表明,1984add与T3295C间存在完全连锁不平衡现象。相关分析结果表明,GPR54基因GPR54-1.1位点的BB型、GPR54-3位点的CD型、GPR54-5.1位点的EF型与单倍型组合H1H1(BDE/BDE)对2胎以上或所有胎次小梅山母猪的TNB和NBA有显着或极显着影响;方差组分分析结果表明,2胎以上或所有胎次小梅山母猪的TNB和NBA的遗传在GPR54-1.1位点上主要受到基因的加性效应的影响,而在GPR54-3和GPR54-5.1位点上主要受到基因的显性效应的影响。7、对小梅山猪FSHβ、FSHR、LHR、PGR、KISS-1和GPR54基因在下丘脑-垂体-性腺轴系统中的表达规律进行研究。结果显示:小梅山猪从初生到5月龄间下丘脑-垂体-性腺轴下各组织中均检测到FSHp、FSHR、LHR、PGR、KISS-1和GPR54基因的表达;不同组织中,FSHβ基因在垂体中均高度表达,输卵管和卵巢则低度表达,4月龄时,FSHβ基因在垂体中的相对表达量是输卵管的54.557倍,其表达水平在不同生长阶段中呈现先上升后下降趋势,4月龄时达到高峰;4月龄前,FSHR基因在下丘脑中高度表达,4月龄之后,则卵巢和下丘脑均为高度表达,而子宫均为低度表达;LHR基因在不同组织中,均以下丘脑为高度表达,4月龄之后,卵巢亦为高度表达;PGR基因在不同组织中,均以子宫为高度表达,4月龄之后,下丘脑和卵巢亦高度表达,垂体均为低度表达;不同生长阶段中,各组织PGR基因表达水平均呈现先上升后下降的趋势,并且均在4月龄达到高峰,尤其是卵巢最为明显;4月龄之后,KISS-1与GPR54基因在下丘脑中高度表达,但4月龄之前,两者表达差异较大,KISS-1基因在子宫中高度表达,GPR54基因则波动很大;KISS-1与GPR54基因表达水平在下丘脑、垂体、卵巢和子宫中的趋势,与FSHβ基因之于垂体、FSHR基因之于卵巢与子宫、LHR基因之于卵巢与下丘脑、PGR之于各组织,是相同的。8、对小梅山猪性发育过程中血清中FSH、LH、E2和P4等生殖激素水平的变化规律加以研究,结果显示:初生时,血清中FSH、LH、E2和P4等生殖激素水平处于高位状态,1月龄~4月龄间可能略有波动,但均呈现上升趋势,至4月龄时达到最高水平,并且差异均达到显着或极限着水平,5月龄时,这4种生殖激素水平又迅速下降;根据上述4种生殖激素的变化规律,并结合生产实践,可以推测小梅山猪的初情期在3.5月龄-4.5月龄间。
安蕊[6](2013)在《基于PCR-SSCP和微型条形码的威灵仙分子鉴定研究》文中研究指明威灵仙为我国常用药材,其来源为毛茛科Ranunculaceae植物威灵仙Clematis chinensis Osbeck.、棉团铁线莲Clematis hexapetala Pall.和东北铁线莲Clematis manshurica Rupr.的干燥根及根茎。一直以来,中药材便存在以伪乱真、同名异物等现象。根据研究报道及市场品种调查显示,威灵仙药用品种非常复杂,混伪品在基原、药性等方面,均与正品有差异,这无疑会扰乱正常的药材市场及临床应用。因此,威灵仙药材的准确鉴定、品种整理及质量控制是亟待解决的问题。中药鉴定是中药研究领域的重要一方面。传统鉴定主要包括性状鉴定、显微鉴定、理化鉴定等方法。随着分子技术的不断发展,DNA条形码鉴定方法在药材鉴定中发挥了很大作用。此方法操作步骤简便,可以稳定、高效、准确的完成鉴定工作,受到了中药鉴定工作者广泛的关注。微型条形码是根据更短的片段进行物种的鉴定,其主要依据是物种间DNA的稳定碱基差异,用于鉴定DNA发生严重降解的实验材料。本研究还在此基础上,采用PCR-SSCP-PAGE的方法鉴定了威灵仙药材及其基原植物。本研究选取威灵仙三种基原植物及市售药材为研究对象,利用微型DNA条形码技术和PCR-SSCP技术加以鉴定,以达到对药材市场中威灵仙品种整理,为威灵仙质量控制提供依据的目的。经过研究,所得结果如下:(1)根据威灵仙三种基原的特异位点,采用PCR扩增技术,建立了微型条形码的鉴别方法。结果表明,设计的引物能够将DNA质量较差样本中的目的片段扩增出来,片段长度200bp左右,且测序成功率100%,短小的片段也便于序列的分析;对药材的鉴别能够准确、快速的完成。(2)本研究在传统鉴定的基础上,采用PCR-SSCP-PAGE技术,建立鉴别威灵仙药材的方法体系。本研究中,PCR-SSCP-PAGE能够将威灵仙的三种基原植物鉴别开,但对于威灵仙药材,其鉴别效果欠佳。但PCR-SSCP技术具有高通量、灵敏、经济等优点,且此技术在药材鉴别领域应用较少,还应当多次尝试其他药材,具有很大发展前景。(3)通过对威灵仙药材的性状鉴定和显微鉴定,了解到目前威灵仙商品药材主要来源于威灵仙和东北铁线莲。结合此批药材含量测定结果发现威灵仙、东北铁线莲和棉团铁线莲的齐墩果酸和常春藤皂苷含量差异较大。威灵仙药材中,此两种成分均能达到药典的要求,因此建议在选择药材种类时,选择威灵仙入药。而棉团铁线莲药材中检测不到此两种成分。另外,东北铁线莲中常春藤皂苷含量极微或无法检出。因此,建议在药材栽培中选择威灵仙为主要栽培品种。(4)建议将威灵仙、东北铁线莲、棉团铁线莲在齐墩果酸和常春藤皂苷含量方面,分别规制,以利于对药材质量控制和监管。
任立坤[7](2012)在《BMP15、BMP4基因在不同绵羊群体中的多态性分析及其与产羔数的相关性研究》文中研究表明本论文以骨形态发生蛋白4(bone morphogenetic protein 4,BMP4)基因和骨形态发生蛋白15(bone morphogenetic protein 15,BMP15)基因为候选基因,采用PCR-RFLP及PCR-SSCP两种方法,对小尾寒羊和无角陶赛特及其杂交F1代、F2代4个群体的BMP4、BMP15基因的序列进行了遗传变异分析,并对不同基因型与产羔数之间的相关进行了统计分析。本文旨在获取不同绵羊群体的分子遗传学信息,明确BMP4、BMP15基因的遗传特性,为绵羊高繁殖力性状的辅助选择提供有效的分子标记,为选育多胎肉用绵羊杂交育种技术提供依据。本文对小尾寒羊等4个群体共计402只羊采用了PCR-SSCP和PCR-FRLP方法进行了BMP15 FecXG位点多态性分析,结果在该位点并未发现BMP15基因编码序列第718位碱基处发生了与Belclare绵羊和Cambridge绵羊相同的B2(fecXG)突变(C→T)。说明BMP15 B2突变在这4个绵羊群体中的自然发生率非常低。本文对335只小尾寒羊等4个群体的BMP4基因进行PCR-SSCP多态性分析,小尾寒羊中两个等位基因的频率分别为B(0.167)和+(0.833),基因型频率分别为BB(0.010)、B+(0.297)和++(0.692);无角陶赛特两个等位基因的频率分别为B(0.404)和+(0.596),基因型频率分别为BB(0)、B+(0.808)和++(0.192);陶寒F1代中两个等位基因的频率分别为B(0.250)和+(0.750),基因型频率分别为BB(0.053)、B+(0.394)和++(0.553);陶寒F2代中两个等位基因的频率分别为B(0.025)和+(0.975),基因型频率分别为BB(0)、B+(0.050)和++(0.950)。在有产羔记录的小尾寒羊和陶寒F1代中,小尾寒羊的基因型++和B+平均产羔数分别为1.84±0.57和2.33±0.60;B+型平均产羔数比++型多0.49只,经χ2检验,差异极显着(P<0.01),说明具有BMP4基因的小尾寒羊母羊个体产羔数与该基因305突变位点密切关联。陶寒F1代的基因型++、B+和BB平均产羔数分别为2.00±0.00、2.23±0.43和2.00±0.00,经χ2检验,++、BB组与B+组的平均产羔数差异显着(P<0.05)。更进一步说明了BMP4基因与产羔数密切相关。B基因不能提高无角陶塞特母羊产羔数。
杨俊静[8](2012)在《猪GPAT基因克隆、变异和表达规律分析》文中提出肌苷酸(inosinc acid,inosinc mophosphate,IMP),又名次黄嘿呤核苷酸,是ATP代谢的中间产物,存在于肌肉中。研究表明肌苷酸是畜禽肉中重要的鲜味物质,其增加鲜味的能力比谷氨酸钠强40倍,目前国际上已经把肌苷酸含量作为衡量肉质鲜味的一项重要指标。谷氨酰胺磷酸核糖焦磷酸酰胺转移酶(Glutamine phosphoribosylpyrophosphate amidotransferase, GPAT)是催化次黄嘌呤核苷酸合成过程的一种限速酶,催化次黄喋呤核苷酸合成的第一步反应。因此,GPAT是影响肌苷酸生成、决定肉质性状的候选基因。为了进一步探索GPAT基因与肉质、风味性状的关系,本研究采用PCR-SSCP方法分析其遗传多态性、采用real timePCR方法分析其组织表达规律。得到的主要结果如下:1)利用RT-PCR方法成功克隆了民猪GPAT基因的完整编码区序列,长2481bp,预期编码826个氨基酸,在多肽链存在一个LPLATDHAPAT-like结构和一个PlsB结构;2)通过PCR-SSCP方法在外显子1和14中寻找到了3个单核苷酸多态位点,分别是c.151T>C,c.171G>T和c.1937G>T,其中c.151T>C和c.1937G>T是错义突变,分别导致了蛋白质多肽链p.Phe51Leu、p.Leu646Arg的替代。群体遗传学分析表明,各等位基因在民猪、大白、长白、杜洛克、北京黑猪和野家杂交猪中的分布存在着极显着的差异(p<0.01);3) Real time PCR分析发现GPAT基因在肝脏、大肠、卵巢、脾脏、肾脏、小肠、肺、心脏、腿肌、背肌、子宫等组织中均表达,且肝脏中表达量最高,子宫中表达量最低。
奉水东[9](2009)在《非小细胞肺癌EGFR和HER2基因突变的流行病学研究》文中研究指明第一篇非小细胞肺癌EGFR基因突变的流行病学研究背景非小细胞肺癌(NSCLC)的发生和发展受到多个遗传和环境因素的影响。表皮生长因子受体(EGFR)基因介导的细胞信号传导通路在细胞的生长、增殖和分化中起重要作用,而EGFR基因突变可以使EGFR活性增加,进而使其下游通路被高度激活,与肿瘤(包括NSCLC)的发生、发展密切相关。既往的研究往往着眼于EGFR基因突变与抗NSCLC药物临床疗效的关系,没有关注EGFR基因突变发生的病因学。目的通过对NSCLC病人的深入研究,以了解NSCLC病人EGFR基因突变的状况,以及探讨其主要环境影响因素。方法选择2006年6月至2007年6月在湖南省肿瘤医院、中南大学湘雅医院和中南大学湘雅二医院三所大型医院收治住院并通过病理组织学诊断为NSCLC的所有病人作为研究对象,应用现况和回顾流行病学研究的方法,通过查阅病历、询问和DNA测序等手段获得有关环境暴露和EGFR基因突变的全面信息,再通过单、多因素分析探讨两者之间的关系。结果NSCLC中EGFR基因外显子19和21总的突变率为17.0%(36/212),其中腺癌高于腺鳞癌(45.7%vs 18.9%,P<0.05),腺鳞癌高于鳞癌(18.9%vs 4.8%,P<0.05)。在212例NSCLC标本中共检测到5种引起氨基酸序列改变的突变类型,其中4种突变发生在外显子19:delE746-A750类型17例,delL747-P753insS类型3例,delL747-T751insS类型和delL747-S752insS类型各1例;1种突变发生在外显子21:14例均为L858R。NSCLC EGFR基因突变女性高于男性(50%vs 9.3%,P<0.01),非吸烟者高于吸烟者(42.2%vs 6.1%,P<0.01),EGFR基因突变与年龄和肿瘤TNM分期无关(P>0.05,P>0.05)。单因素分析结果表明吸烟,吸烟指数,经常油炸食物,烹饪油烟刺眼感,煤炉使用,排烟设备使用,煎炸食物摄取,烟薰食物摄取,癌家族史等与EGFR基因突变的发生存在相关关系;多因素非条件logistic回归分析显示:吸烟((?)=0.043)、煤炉使用((?)=1.456)和排烟设备使用((?)=0.166)是EGFR基因突变的影响因素。结论本研究结果显示:湖南省NSCLC人群EGFR基因外显子19和21总的突变率为17.0%,女性高于男性,非吸烟者高于吸烟者,腺癌高于其它病理组织学类型。湖南省NSCLC EGFR基因突变具有多样性和复杂性。NSCLC EGFR基因突变与环境因素有关,煤炉使用可增加基因突变的危险,而排烟设备使用是它的保护因素。第二篇PCR-SSCP检测非小细胞肺癌EGFR基因突变的敏感性和临床应用评价背景吉非替尼对局部晚期或转移性NSCLC病人有较好的疗效和安全性,而EGFR基因突变是NSCLC病人对吉非替尼敏感性的预测因子,因此快速检测和了解EGFR基因突变的状况,对于NSCLC病人的个体化施治具有重要的参考价值。PCR-SSCP分析简单可靠,基本符合临床检测的要求,但对它在肺癌病人中应用的敏感性,特别是在临床应用方面的潜力的比较全面和系统的评价,目前尚未见相关报道。目的通过PCR-SSCP检测NSCLC病人EGFR基因突变,评价其敏感性和临床应用价值,为PCR-SSCP分析的后续临床应用提供理论和方法学依据。方法分别采用DNA测序法和PCR-SSCP分析对符合要求的NSCLC标本进行检测,以DNA测序结果为“金标准”,计算PCR-SSCP法的灵敏度、假阴性率、特异度、假阳性率、约登指数、粗符合率、预测值和似然比等指标;同时随机抽取20%的样本,以相同的实验条件,重新进行PCR-SSCP分析,与第一次PCR-SSCP分析的结果进行比较,计算Kappa指数值,最后综合所有的指标评价PCR-SSCP检测NSCLC EGFR基因突变的敏感性和临床应用价值。结果PCR-SSCP分析的条件可从胶浓度、电泳电压、PCR产物纯化等方面进行适当优化,本研究结果提示10%的聚丙烯酰胺胶,100V的电压,纯化的PCR产物是PCR-SSCP分析的理想条件。NSCLC不同的EGFR基因突变类型有不同的带型模式。PCR-SSCP分析的灵敏度为97.2%,假阴性率为2.8%,特异度为94.3%,假阳性率为5.7%,约登指数为91.5%,粗符合率为94.8%,阳性预测值为77.8%,阴性预测值为99.4%,阳性似然比为17.1,阴性似然比为0.5,前后两次PCR-SSCP分析的Kappa指数值为0.81(P<0.05),表明PCR-SSCP分析具有较高的真实性、可靠性和实用性。结论PCR-SSCP分析的最优条件组合是:10%的聚丙烯酰胺胶,100V的电压和纯化的PCR产物。PCR-SSCP检测NSCLC EGFR基因突变具有较为清楚和特异性的带型,不同类型的EGFR基因突变,具有不同的带型模式。PCR-SSCP检测NSCLC EGFR基因突变具有较高的真实性、可靠性和实用性。第三篇非小细胞肺癌HER2基因突变及过表达的研究背景EGFR基因突变可以预测NSCLC对EGFR激酶抑制剂的敏感性,那么存在2型表皮生长因子受体(HER2)基因突变的肺癌亚组是否对HER2抑制剂敏感?因此,了解HER2基因突变有望找到潜在的对HER2抑制剂敏感的肺癌靶人群。目前,有关中国NSCLCHER2基因突变的状况尚无报道。另一方面,国外研究表明,NSCLCHER2基因突变率很低,而HER2基因在NSCLC中的过表达率却较高,但HER2基因在NSCLC中的过表达率各研究报道不一致,这主要与不同的检测方法及方法的灵敏性有关。因此,采用更加方便和可靠的方法测量NSCLC病人中HER2基因的过表达,对于NSCLC病人的临床治疗将有重要的现实指导意义。目的探索采用方便、敏感和特异的实验室检测方法,以了解NSCLC病人的HER2基因突变及过表达状况。方法选择2006年6月至2007年6月在湖南省肿瘤医院、中南大学湘雅医院和中南大学湘雅二医院三所大型医院收治住院并通过病理组织学诊断为NSCLC的所有病人作为研究人群,获取人口学和临床病理特征的资料,同时收集肺癌标本,采用DNA测序法和聚合酶链式反应—单链构象多态性(PCR-SSCP)分析检测HER2基因突变,采用实时定量RT-PCR检测HER2基因的过表达。结果在212例肺癌标本中只发现1例存在基因序列异常(DNA测序)和带型异常(PCR-SSCP分析),两种方法检测结果完全一致。HER2基因的突变率为0.5%(1/212),在肺腺癌中的突变率为2.2%(1/46)。突变的类型为插入突变:核苷酸改变表现形式为2327-2329insTTT,相应的氨基酸改变表现形式为G776V,insC。应用实时定量RT-PCR 2-ΔΔCt公式法检测NSCLC的癌组织及癌旁组织的HER2基因的表达水平,结果肺癌组织相对于癌旁组织HER2基因的表达水平明显上升(P<0.01)。NSCLC HER2基因在癌组织中的过表达率为34.0%,HER2基因过表达与患者的性别、年龄无关(P>0.05),但在不同病理分型和病理分级的肺癌组织中有显着性差异(P<0.01,P<0.05),腺癌高于腺鳞癌和鳞癌,Ⅲ~Ⅳ级高于Ⅰ~Ⅱ级。结论本研究结果显示:NSCLC HER2基因的突变率为0.5%(1/212),在肺腺癌中为2.2%(1/46),突变发生在第20外显子,类型为插入突变。实时定量RT-PCR 2-ΔΔCt公式法可以作为评价NSCLCHER2基因过表达的方法。NSCLC HER2基因表达水平癌组织高于癌旁组织,在癌组织中HER2基因存在过表达,其过表达率为34.0%。HER2基因的过表达可为NSCLC病人的预后判断提供参考。
畅静桃[10](2008)在《GDF9基因多态性及其与小尾寒羊多羔性关系的研究》文中研究指明为了探讨生长分化因子9(GDF9)基因与小尾寒羊高繁殖力之间的关系,为小尾寒羊高繁殖性状的辅助选择提供有效的分子标记,采用PCR-SSCP方法,对小尾寒羊、白萨福克羊、特克赛尔羊和藏羊中GDF9基因的单核苷酸多态性进行研究。结果表明:在小尾寒羊、白萨福克羊和特克赛尔羊中检测到AA、AB、BB三种基因型,在藏羊中检测到了AA、AB两种基因型。四个绵羊品种A等位基因频率分别为64.1%、73.3%、73.35%、81.65%,B等位基因频率分别为35.9%、26.7%、26.65%、18.35%。测序结果表明,BB型与AA型相比发生了一处单碱基突变;与GeneBank上GDF9基因(登录号:AF078545)序列比较发现AA型与原序列完全相同,定义为野生型,BB型在外显子2的75位发生了C→T的单碱基突变,定义为突变型。翻译成氨基酸序列比较发现突变没有引起氨基酸的改变,为沉默突变。小尾寒羊和藏羊品种之间基因型分布差异显着(P<0.05),其它各品种之间基因型分布差异均不显着(P>0.05)。经X2适合性检验,4个绵羊品种中X2值均未达到显着水平,此扩增片段均处于Hardy-Weinberg平衡状态。这说明GDF9基因G2突变这对引物扩增片段不受选育措施的影响,在选育过程中它们的遗传仍然是随机的。不同基因型和小尾寒羊产羔数最小二乘方差分析表明,小尾寒羊产羔数的最小二乘均值关系为AB>AA>BB,但3种基因型间差异不显着(P>0.05)。GDF9基因的G2突变对小尾寒羊高繁殖力没有显着影响。
二、PCR-SSCP灵敏度的影响因素(论文开题报告)
(1)论文研究背景及目的
此处内容要求:
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景,再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题,并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例:
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
(2)本文研究方法
调查法:该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法:用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法:通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法:通过调查文献来获得资料,从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法:依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法:对研究对象进行“质”的方面的研究,这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法:通过具体的数字,使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法:运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法:这是社会科学用来分析社会现象的一种方法,从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法:通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、PCR-SSCP灵敏度的影响因素(论文提纲范文)
(1)Lnc00055280调控鸡腹部前体脂肪细胞的功能及遗传效应研究(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
符号说明 |
第1章 文献综述 |
1.1 鸡脂肪沉积的研究进展 |
1.1.1 解析鸡脂肪沉积的意义 |
1.1.2 脂肪沉积过程关键调控因子 |
1.2 长非编码RNA |
1.2.1 长非编码RNA的定义及特点 |
1.2.2 LncRNA的作用方式 |
1.2.3 LncRNA与脂肪沉积的关系 |
1.3 SNP标记辅助选择 |
1.3.1 单核苷酸标记及其在家禽育种中的应用 |
1.3.2 PCR-SSCP基因分型技术 |
1.4 实时荧光定量PCR技术 |
1.4.1 实时荧光定量PCR的基本原理 |
1.4.2 实时荧光定量PCR技术在畜禽领域中的运用 |
1.5 研究目的及意义 |
第2章 Lnc00055280对鸡前脂肪细胞增殖分化的影响 |
2.1 前言 |
2.2 试验材料 |
2.2.1 试验动物 |
2.2.2 主要试剂 |
2.2.3 试剂配制 |
2.3 试验方法 |
2.3.0 原代脂肪细胞的培养 |
2.3.1 鸡前体脂肪细胞的分离培养 |
2.3.2 鸡脂肪前体细胞的传代及诱导分化 |
2.3.3 油红O染色及甘油三酯含量的检测 |
2.3.4 RNA荧光原位杂交 |
2.3.5 细胞和组织总RNA的提取 |
2.3.6 反转录及RT-qPCR |
2.3.7 引物设计 |
2.3.8 EdU检测细胞增殖 |
2.3.9 数据处理 |
2.4 结果分析 |
2.4.1 原代脂肪细胞的油红O染色及甘油三酯分析 |
2.4.2 荧光原位杂交 |
2.4.3 Lnc00055280在前脂肪细胞分化过程中的表达 |
2.4.4 Lnc00055280在鸡前体脂肪细胞中干扰效率检测 |
2.4.5 EdU检测细胞增殖 |
2.4.6 Lnc00055280对成脂关键基因的作用 |
2.4.7 油红O染色及甘油三酯分析 |
2.5 讨论 |
第3章 Lnc00055280在和盈黑鸡组织分布及其在脂肪组织中的发育性表达规律研究 |
3.1 前言 |
3.2 试验材料 |
3.2.1 试验动物 |
3.2.2 主要试剂 |
3.3 试验方法 |
3.3.1 鸡组织和细胞总RNA的提取 |
3.3.2 反转录及RT-qPCR |
3.3.3 引物设计 |
3.3.4 数据分析 |
3.4 结果与分析 |
3.4.1 总RNA质检 |
3.4.2 绘制目的基因的溶解曲线 |
3.4.3 Ln00055280的组织表达分析 |
3.4.4 Lnc00055280在不同发育时期脂肪组织中的表达规律 |
3.5 讨论 |
第4章 Lnc00055280多态性与和盈黑鸡屠体性状的关联分析 |
4.1 前言 |
4.2 试验材料与方法 |
4.2.1 试验动物 |
4.2.2 试验主要仪器 |
4.2.3 主要试剂 |
4.3 试验方法 |
4.3.1 鸡血液DNA的提取 |
4.3.2 引物设计 |
4.3.3 PCR-SSCP分析 |
4.3.4 统计模型与分析 |
4.4 结果与分析 |
4.4.1 PCR扩增结果 |
4.4.2 Lnc00055280 SNP位点基因频率及基因型频率的统计 |
4.4.3 Lnc00055280多态性与屠体性状的相关分析 |
4.5 讨论 |
全文结论 |
主要创新点 |
参考文献 |
附录 |
攻读学位期间取得的研究成果 |
致谢 |
(2)食品中产毒真菌核酸检测方法的研究进展(论文提纲范文)
1 基于PCR技术的产毒真菌检测方法 |
1.1 常规PCR方法 |
1.2 实时荧光定量PCR方法 |
2 基于DNA指纹图谱技术的产毒真菌检测方法 |
2.1 RFLP方法 |
2.2 SSCP方法 |
2.3 RAPD方法 |
2.4 AFLP方法 |
3 基于DNA条形码技术的产毒真菌检测方法 |
4 展望 |
(3)APC、p53、K-ras在结直肠肿瘤检测中的研究价值(论文提纲范文)
1资料与方法 |
2结果 |
3讨论 |
(4)猪载脂蛋白A5基因克隆、表达与遗传变异的研究(论文提纲范文)
摘要 |
第一章 文献综述 |
1 载脂蛋白及其功能 |
1.1 载脂蛋白与脂蛋白 |
1.2 脂蛋白的分类及其功能 |
1.3 载脂蛋白的分类及其功能 |
2 猪脂肪性状及其遗传研究进展 |
2.1 猪脂肪性状及其研究意义 |
2.2 动物脂肪代谢的途径 |
2.3 猪脂肪性状候选基因的研究进展 |
3 载脂蛋白A5 基因(ApoA5)的研究进展 |
3.1 ApoA5 基因的发现 |
3.2 ApoA5 基因的结构、蛋白质特性及分布 |
3.3 ApoA5 基因的生理功能和作用机理 |
3.4 ApoA5 基因表达的调控机制 |
3.5 ApoA5 基因的遗传突变与疾病 |
3.6 ApoA5 基因在畜禽方面的研究 |
3.7 ApoA5 基因研究前景及展望 |
4 本试验研究的意义 |
5 本试验研究的主要内容 |
参考文献 |
第二章 猪载脂蛋白A5(ApoA5)基因全长cDNA克隆及序列分析 |
1 材料与方法 |
1.1 试验材料 |
1.2 试验方法 |
2 结果与分析 |
2.1 肝组织总RNA的提取 |
2.2 猪ApoA5 基因特异性片段的PCR与测序结果 |
2.3 猪ApoA5 基因5′RACE扩增及测序结果 |
2.4 猪ApoA5 基因3′RACE扩增及测序结果 |
2.5 猪ApoA5 基因RACE验证序列的扩增及测序结果 |
2.6 猪ApoA5 基因全长cDNA序列及序列分析 |
3 讨论 |
3.1 关于猪ApoA5 基因的克隆 |
3.2 关于ApoA5 基因cDNA序列的分析 |
参考文献 |
第三章 猪ApoA5 基因cDNA序列的生物信息学分析 |
1 试验方法 |
1.1 ApoA5 基因全长cDNA序列的获取 |
1.2 ApoA5 基因序列的生物信息学分析 |
2 ApoA5 蛋白结构的生物信息学预测结果 |
2.2 ApoA5 蛋白基本性质分析 |
2.3 ApoA5 蛋白理化性质预测结果 |
2.4 ApoA5 基因编码蛋白二级结构预测 |
2.5 ApoA5 三级结构预测结果 |
3 讨论 |
参考文献 |
第四章 马身猪和大白猪不同组织载脂蛋白A5 基因mRNA表达特性的研究 |
1 材料与方法 |
1.1 试验材料 |
1.2 试验方法 |
2 结果与分析 |
2.1 荧光定量PCR标准曲线的建立与分析 |
2.2 荧光定量PCR扩增的动力学曲线 |
2.3 荧光定量PCR扩增的熔解曲线 |
2.4 马身猪和大白猪不同生理时期ApoA5 mRNA在不同组织中的表达特点分析 |
3 讨论 |
3.1 关于实时荧光定量PCR方法 |
3.2 关于ApoA5 基因组织表达特性的研究 |
3.3 关于猪ApoA5 基因在不同组织中表达的发育性变化及品种差异 |
参考文献 |
第五章 猪载脂蛋白A5基因的原核表达及特征分析 |
1 材料与方法 |
1.1 试验材料 |
1.2 试验方法 |
2 结果与分析 |
2.1 ApoA5 基因CDS区基因片段的扩增结果 |
2.2 ApoA5 基因CDS片段T载体克隆的鉴定 |
2.3 CDS区基因片段和pET32a(+)载体的双酶切处理 |
2.4 原核表达重组质粒pET32a-ApoA5的鉴定结果 |
2.5 重组质粒pET32a-ApoA5 原核表达结果 |
2.6 重组质粒pET32a-ApoA5 原核表达的Western-blot鉴定结果 |
3 讨论 |
3.1 关于ApoA5 基因的研究 |
3.2 关于重组蛋白的原核表达 |
3.3 关于试验的进一步研究 |
参考文献 |
第六章 马身猪和大白猪不同组织载脂蛋白A5基因蛋白表达规律研究 |
1 材料与方法 |
1.1 材料 |
1.2 试验方法 |
2 结果与分析 |
2.1 ApoA5 基因组织表达的Western-blot结果 |
2.2 马身猪和大白猪ApoA5 基因在不同组织中的表达特点 |
2.3 马身猪和长白猪肝脏组织ApoA5 基因表达的发育性变化分析 |
3 讨论 |
3.1 关于ApoA5 基因蛋白表达的组织特异性研究 |
3.2 关于ApoA5 基因在肝脏组织中表达的发育性变化及品种差异 |
3.3 关于ApoA5 基因在mRNA水平和蛋白水平上表达的差异 |
参考文献 |
第七章 猪ApoA5基因遗传变异及其与生长性状的关联性研究 |
1 材料与方法 |
1.1 试验材料 |
1.2 试验方法 |
2 结果与分析 |
3 讨论 |
参考文献 |
全文结论 |
特色与创新 |
附录1:缩略语表(Abbreviations) |
附录2:试验所用主要溶液及试剂的配制 |
附录3:试验所用的主要仪器 |
Abstract |
致谢 |
(5)猪繁殖性状相关基因遗传效应及表达规律的研究(论文提纲范文)
中文摘要 |
ABSTRACT |
第一章 文献综述 |
1 分子标记及其在猪育种中的应用 |
1.1 分子标记概况 |
1.2 分子标记在猪中的应用 |
2 实时荧光定量技术 |
2.1 RQ-PCR技术的基本原理 |
2.2 RQ-PCR技术在畜牧研究领域中的应用 |
3 电化学发光免疫测定技术 |
3.1 ECLIA技术的基本原理 |
3.2 ECLIA技术在临床实践中的应用 |
4 六个功能基因的研究进展 |
4.1 FSH β基因的研究进展 |
4.2 FSHR基因的研究进展 |
4.3 LHR基因的研究进展 |
4.4 PGR基因的研究进展 |
4.5 KISS-1基因的研究进展 |
4.6 GPR54基因的研究进展 |
5 本研究的目的和意义 |
第二章 6个功能基因多态性与繁殖性状的关联分析 |
第一节 FSHB基因多态性与小梅山猪繁殖性状的关联分析 |
1 材料与方法 |
1.1 试验材料 |
1.2 试验方法 |
1.3 数据统计分析 |
2 结果与分析 |
2.1 FSH β基因SNPs的筛选结果 |
2.2 FSH β基因SNPs的大规模检测结果 |
2.3 群体遗传学分析 |
2.4 FSH β基因连锁不平衡程度分析与单倍型构建 |
2.5 FSH β基因与猪繁殖性状的关联分析 |
2.6 FSH β基因各位点的方差组分分析与选择反应预测 |
3 讨论 |
3.1 关于FSH β基因序列检测分析 |
3.2 关于FSH β基因不同位点在猪群间基因分布 |
3.3 关于FSH β基因与繁殖性状的关联分析 |
第二节 FSHR基因多态性与小梅山猪繁殖性状的关联分析 |
1 材料与方法 |
1.1 试验材料 |
1.2 试验方法 |
1.3 数据统计分析 |
2 结果与分析 |
2.1 FSHR基因SNPs的筛选结果 |
2.2 FSHR基因SNPs的大规模检测结果 |
2.3 群体遗传学分析 |
2.4 FSHR基因连锁不平衡程度分析与单倍型构建 |
2.5 FSHR基因与猪繁殖性状的关联分析 |
2.6 FSHR基因方差组分分析与选择反应预测 |
3 讨论 |
3.1 关于FSHR基因序列检测分析 |
3.2 关于FSHR基因不同位点在猪群间基因分布 |
3.3 关于FSHR基因与繁殖性状的关联分析 |
第三节 LHR基因多态性与小梅山猪繁殖性状的关联分析 |
1 材料与方法 |
1.1 试验材料 |
1.2 试验方法 |
1.3 数据统计分析 |
2 结果与分析 |
2.1 LHR基因SNPs的筛选结果 |
2.2 PCR-SSCP检测 |
2.3 错配PCR-RFLP检测 |
2.4 群体遗传学分析 |
2.5 LHR基因与猪繁殖性状的关联分析 |
2.6 LHR基因方差组分分析与选择反应预测 |
3 讨论 |
3.1 关于LHR基因序列检测分析 |
3.2 关于LHR基因与繁殖性状的关联分析 |
第四节 PGR基因多态性与小梅山猪繁殖性状的关联分析 |
1 材料与方法 |
1.1 试验材料 |
1.2 试验方法 |
1.3 数据统计分析 |
2 结果与分析 |
2.1 PGR基因SNPs的筛选结果 |
2.2 PCR-SSCP检测 |
2.3 错配PCR-RFLP检测 |
2.4 群体遗传学分析 |
2.5 PGR基因与猪繁殖性状的关联分析 |
3 讨论 |
3.1 关于错配PCR-RFLP技术 |
3.2 关于PGR基因序列检测分析 |
3.3 关于PGR基因与繁殖性状的关联分析 |
第五节 KISS-1基因多态性与小梅山猪繁殖性状的关联分析 |
1 材料与方法 |
1.1 试验材料 |
1.2 试验方法 |
1.3 数据统计分析 |
2 结果与分析 |
2.1 KISS-1基因SNPs的筛选结果 |
2.2 KISS-1基因SNPs的大规模检测结果 |
2.3 群体遗传学分析 |
2.4 KISS-1基因连锁不平衡程度分析与单倍型构建 |
2.5 KISS-1基因与猪繁殖性状的关联分析 |
2.6 KISS-1基因方差组分分析与选择反应预测 |
3 讨论 |
3.1 关于3个猪群体KISS-1基因的群体遗传学分析 |
3.2 关于KISS-1基因序列检测分析 |
3.3 关于KISS-1基因与繁殖性状的关联分析 |
第六节 GPR54基因多态性与小梅山猪繁殖性状的关联分析 |
1 材料与方法 |
1.1 试验材料 |
1.2 试验方法 |
1.3 数据统计分析 |
2 结果与分析 |
2.1 GPR54基因SNPs的筛选结果 |
2.2 GPR54基因SNPs的大规模检测结果 |
2.3 群体遗传学分析 |
2.4 GPR54基因连锁不平衡程度分析与单倍型构建 |
2.5 GPR54基因与猪繁殖性状的关联分析 |
2.6 GPR54基因方差组分分析与选择反应预测 |
3 讨论 |
3.1 关于GPR54基因序列检测分析 |
3.2 关于GPR54基因与繁殖性状的关联分析 |
第三章 6个功能基因在小梅山猪不同生长阶段表达规律的研究 |
1 材料与方法 |
1.1 试验猪群和样本采集 |
1.2 主要试剂 |
1.3 主要仪器设备 |
1.4 实验方法 |
1.5 统计软件和方法 |
2 结果与分析 |
2.1 RNA的提取结果 |
2.2 目的基因和内参基因的溶解曲线 |
2.3 目的基因和内参基因的标准曲线 |
2.4 小梅山猪生殖性腺轴中功能基因的表达规律 |
3 讨论 |
3.1 FSH与FSHR基因的表达 |
3.2 LHR基因的表达 |
3.3 PGR基因的表达 |
3.4 KISS-1/GPR54系统基因的表达 |
第四章 小梅山猪性发育过程中生殖激素变化规律的研究 |
1 材料与方法 |
1.1 试验猪群 |
1.2 血清采集 |
1.3 生殖激素浓度的测定 |
1.4 数据统计分析 |
2 结果与分析 |
3 讨论 |
3.1 关于电化学发光免疫法 |
3.2 关于初情期启动前后生殖激素的变化 |
全文结论 |
创新点 |
参考文献 |
致谢 |
攻读学位期间发表论文 |
(6)基于PCR-SSCP和微型条形码的威灵仙分子鉴定研究(论文提纲范文)
中文摘要 |
ABSTRACT |
文献综述 |
1.1 威灵仙的研究概况 |
1.1.1 威灵仙品种整理研究进展 |
1.1.2 威灵仙的鉴定研究进展 |
1.1.3 威灵仙的化学成分研究进展 |
1.2 中药质量控制研究 |
1.2.1 质量控制遵循的原则 |
1.2.2 中药质量控制方法 |
1.2.3 中药质量的影响因素 |
1.3 DNA条形码鉴定研究现状 |
1.3.1 DNA条形码鉴定技术 |
1.3.2 DNA条形码鉴定技术的应用 |
1.4 PCR-SSCP技术的研究现状 |
1.4.1 PCR-SSCP技术 |
1.4.2 PCR-SSCP技术的应用 |
论文总体设计 |
2.1 研究内容 |
2.2 研究目的 |
2.3 研究技术路线 |
实验部分 |
3 PCR-SSCP-PAGE鉴定方法体系的建立 |
3.1 实验材料 |
3.2 实验方法 |
3.2.1 实验材料及DNA的提取 |
3.2.2 PR-SSCP-PAGE引物的确定 |
3.2.3 PCR-SSCP-PAGE分析 |
3.3 实验结果 |
3.3.1 DNA提取结果 |
3.3.2 PCR结果检测 |
3.3.3 PCR-SSCP检测图谱及分析 |
3.4 讨论 |
4 PCR-SSCP-PAGE方法鉴定药材威灵仙 |
4.1 实验材料 |
4.1.1 实验材料的收集 |
4.1.2 威灵仙药材的性状鉴定和显微鉴定 |
4.1.3 药材鉴定结果 |
4.2 PCR-SSCP-PAGE检测流程 |
4.2.1 药材DNA提取 |
4.2.2 PCR扩增 |
4.2.3 PCR-SSCP-PAGE检测 |
4.3 实验结果 |
4.3.1 药材DNA提取结果 |
4.3.2 PCR扩增检测结果 |
4.3.3 PCR-SSCP-PAGE检测结果 |
4.4 讨论 |
4.5 小结 |
5 微型DNA条形码鉴定方法的建立 |
5.1 实验材料 |
5.2 实验方法 |
5.2.1 DNA的提取 |
5.2.2 微型DNA条形码鉴定体系的建立 |
5.2.3 DNA条形码候选片段的比较 |
5.3 实验结果 |
5.3.1 DNA提取结果 |
5.3.2 PCR产物检测结果 |
5.3.3 扩增产物序列分析 |
5.3.4 DNA条形码候选片段的评价 |
5.4 讨论 |
实验结论 |
参考文献 |
附录 |
致谢 |
个人简历 |
(7)BMP15、BMP4基因在不同绵羊群体中的多态性分析及其与产羔数的相关性研究(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
1 引言 |
1.1 骨形态发生蛋白的发现及生物学作用 |
1.1.1 BMP4 基因 |
1.1.2 BMP7 基因 |
1.1.3 BMP15 基因 |
1.1.4 BMPR-IB 基因 |
1.2 PCR-RFLP 技术研究 |
1.2.1 RFLP 的发展 |
1.2.2 PCR-RFLP 技术的原理 |
1.2.3 PCR-RFLP 技术的特点 |
1.3 PCR-SSCP 技术研究 |
1.3.1 PCR-SSCP 的发展 |
1.3.2 PCR-SSCP 技术的原理 |
1.3.3 PCR-SSCP 技术的特点 |
1.4 本研究的目的和意义 |
2 试验研究 |
2.1 试验材料 |
2.1.1 试验样本来源 |
2.1.2 主要仪器 |
2.1.3 主要药品和试剂 |
2.1.4 溶液的配制 |
2.2 试验方法 |
2.2.1 试验样品DNA 的提取 |
2.2.2 绵羊BMP4、BMP15 基因的PCR 扩增 |
2.2.3 绵羊BMP15 基因的PCR-RFLP 分析 |
2.2.4 绵羊BMP4、BMP15 基因的PCR-SSCP 分析 |
2.2.5 统计方法 |
3 结果与分析 |
3.1 血液基因组DNA 提取结果与分析 |
3.2 BMP4 PCR 扩增结果 |
3.3 BMP15 PCR 扩增结果 |
3.4 BMP15 PCR 产物HinfⅠ酶切结果 |
3.5 BMP15 PCR 产物PCR-SSCP 结果 |
3.6 BMP15 基因FecXG 测序分析 |
3.7 BMP4 PCR 产物PCR-SSCP 结果 |
3.8 BMP4 不同基因型序列分析 |
3.9 群体遗传学分析 |
3.9.1 不同群体BMP4 基因型频率和基因频率分析 |
3.9.2 Hardy-Weinberg 平衡状态的检验 |
3.9.3 不同绵羊群体BMP4 基因型分布独立性检验 |
3.9.4 4 个绵羊群体BMP4 基因多态位点纯合度、杂合度、有效等位基因数和多态信息含量 |
3.9.5 BMP4 基因与产羔数关系平衡检验 |
4 讨论 |
4.1 PCR 扩增的主要影响因素 |
4.1.1 PCR 模板DNA 的质量 |
4.1.2 引物 |
4.1.3 退火温度(Tm)的确定 |
4.2 PCR-RFLP 技术影响因素分析 |
4.3 PCR-SSCP 技术影响因素分析 |
4.4 BMP4 基因的多态性及产羔数的关系 |
4.5 BMP15 基因的多态性与产羔数的关系 |
4.6 BMP4 基因遗传特征分析 |
5 结论 |
参考文献 |
在读期间发表的学术论文 |
简介 |
致谢 |
(8)猪GPAT基因克隆、变异和表达规律分析(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
1 引言 |
1.1 肉质风味的研究进展 |
1.1.1 肉质的含义 |
1.1.2 风味的含义及形成 |
1.1.3 猪肉肉质风味的影响因素 |
1.2 肌苷酸及其酶系研究进展 |
1.2.1 肌苷酸的结构及特性 |
1.2.2 肌苷酸的合成途径 |
1.2.3 肌苷酸合成酶系相关基因 |
1.2.4 GPAT基因研究进展 |
1.3 PCR-SSCP方法简介 |
1.3.1 PCR-SSCP方法的原理及过程 |
1.3.2 PCR-SSCP方法的特点 |
1.3.3 PCR-SSCP方法的应用 |
1.4 实时定量荧光PCR方法简介 |
1.4.1 实时荧光定量PCR方法的原理 |
1.4.2 实时荧光定量PCR方法的分类 |
1.4.3 实时荧光定量PCR方法的应用 |
1.5 本研究的目的和意义 |
2 材料与方法 |
2.1 实验材料 |
2.1.1 实验动物及组织样本 |
2.1.2 菌株和克隆载体 |
2.1.3 主要仪器设备 |
2.1.4 主要药品和酶 |
2.1.5 缓冲液及主要溶液的配制 |
2.2 实验方法 |
2.2.1 采样前准备 |
2.2.2 组织DNA提取及质量检测 |
2.2.3 组织样总RNA的提取与检测 |
2.2.4 GPAT基因的克隆测序 |
2.2.5 PCR-SSCP检测 |
2.2.6 基因多态性的统计方法 |
2.2.7 Real Time PCR反应 |
2.2.8 主要分子生物学软件及统计分析软件 |
2.2.9 主要数据库和生物信息学网站 |
3 结果与分析 |
3.1 基因组提取结果检测 |
3.1.1 紫外分光光度计检测 |
3.1.2 DNA琼脂糖凝胶电泳检测 |
3.2 RNA的提取与质量检测 |
3.3 民猪GPAT基因结构、功能域的分析 |
3.3.1 民猪GPAT基因的克隆 |
3.3.2 民猪GPAT蛋白的一级结构 |
3.3.3 民猪GPAT蛋白的二级结构 |
3.3.4 民猪GPAT蛋白的三级结构 |
3.3.5 民猪GPAT的结构功能域分析 |
3.3.6 民猪GPAT的同源性分析 |
3.4 GPAT基因的PCR-SSCP多态性分析 |
3.4.1 猪GPAT基因SNPs检测 |
3.4.2 群体遗传学分析 |
3.5 民猪各组织中GPAT基因的表达量检测 |
3.5.1 标准曲线的绘制 |
3.5.2 GPAT基因在民猪12种组织中的表达量检测 |
4 讨论 |
4.1 GPAT基因的克隆及生物信息学分析 |
4.2 GPAT基因的多态性及组织表达特性分析 |
4.3 对于实验过程及方法的讨论 |
5 结论 |
致谢 |
参考文献 |
攻读硕士学位期间发表的学术论文 |
(9)非小细胞肺癌EGFR和HER2基因突变的流行病学研究(论文提纲范文)
中文摘要 |
Abstract |
目录 |
主要英文缩略词简表 |
非小细胞肺癌EGFR和HER2基因突变的流行病学研究 |
第一篇 非小细胞肺癌EGFR基因突变的流行病学研究 |
第一章 前言 |
第二章 研究对象和方法 |
2.1 研究对象的选择 |
2.2 样本含量的估计 |
2.3 流行病学调查内容与调查方法 |
2.4 实验室检测 |
2.4.1 实验仪器和试剂 |
2.4.2 实验方法 |
2.5 统计学分析 |
2.6 质量控制 |
第三章 结果 |
3.1 研究对象的一般情况和信息的可靠性 |
3.2 NSCLC EGFR基因突变的分布 |
3.2.1 EGFR基因突变的类型及其分布 |
3.2.2 EGFR基因突变与人群不同特征之间的关系 |
3.2.3 EGFR基因突变与主要环境因素之间的关系 |
第四章 讨论 |
4.1 研究样本的代表性和调查信息的可靠性 |
4.2 NSCLC EGFR基因的突变率和突变类型 |
4.3 NSCLC EGFR基因突变与人口学及临床病理特征的关系 |
4.4 NSCLC EGFR基因突变与主要环境因素的关系 |
4.5 本研究不足之处 |
第五章 结论 |
第二篇 PCR-SSCP检测非小细胞肺癌EGFR基因突变的敏感性和临床应用评价 |
第一章 前言 |
第二章 对象和方法 |
2.1 研究人群的选择 |
2.2 样本量的估计 |
2.3 金标准的确定 |
2.4 与金标准同步的盲法测试 |
2.5 PCR-SSCP分析评价的资料整理 |
2.6 研究方法 |
2.7 统计学分析 |
第三章 结果 |
3.1 EGFR基因exon19,exon21 PCR产物琼脂糖凝胶电泳 |
3.2 DNA测序分析的结果 |
3.3 PCR-SSCP分析条件的优化 |
3.3.1 不同浓度聚丙烯酰胺胶 |
3.3.2 不同的电泳电压 |
3.3.3 纯化与未纯化的PCR产物 |
3.3.4 条件优化后的组合 |
3.4 含有异常条带的PCR-SSCP分析结果 |
3.5 PCR-SSCP分析的临床应用评价 |
3.5.1 PCR-SSCP分析的真实性 |
3.5.2 PCR-SSCP分析的可靠性 |
3.5.3 PCR-SSCP分析的实用性 |
第四章 讨论 |
4.1 NSCLC EGFR基因突变检测的意义 |
4.2 PCR-SSCP分析的基本原理 |
4.3 PCR-SSCP分析作为EGFR基因突变筛检试验的临床应用评价 |
4.3.1 真实性评价 |
4.3.2 可靠性评价 |
4.3.3 实用性评价 |
4.4 PCR-SSCP分析可能存在的问题 |
第五章 结论 |
第三篇 NSCLC HER2基因突变及过表达的研究 |
第一章 前言 |
第二章 对象和方法 |
2.1 研究对象的选择 |
2.2 调查内容和方法 |
2.3 实验方法 |
2.4 统计分析方法 |
2.4.1 实验数据处理 |
2.4.2 统计分析方法 |
2.5 质量控制 |
第三章 结果 |
3.1 研究对象的人口学和临床病理特征 |
3.2 NSCLC HER2基因突变的频率和类型 |
3.3 总RNA的纯度和完整性分析 |
3.5 实时定量RT-PCR扩增产物鉴定 |
3.6 实时定量RT-PCR检测HER2基因mRNA方法的实现 |
3.7 实时定量RT-PCR特异性测试 |
3.8 实时定量RT-PCR的扩增效率检测 |
3.9 HER2基因在癌与癌旁组织表达的差异及在癌组织中的过表达率 |
3.10 HER2基因过表达在NSCLC不同人群特征的分布 |
第四章 讨论 |
4.1 NSCLC HER2基因突变检测的意义 |
4.2 NSCLC HER2基因突变率和突变类型 |
4.3 NSCLC HER2基因表达的评价 |
4.3.1 HER2基因表达评价的意义 |
4.3.2 HER2基因表达评价的方法 |
4.3.3 实时定量RT-PCR的原理和优点 |
4.3.4 实时RT-PCR相对定量法的应用和测试 |
4.3.5 HER2基因过表达及其与人口学和临床病理特征的关系 |
第五章 结论 |
总结 |
参考文献 |
附录 |
综述 |
参考文献 |
致谢 |
攻读学位期间主要研究成果 |
(10)GDF9基因多态性及其与小尾寒羊多羔性关系的研究(论文提纲范文)
摘要 |
Summary |
第一部分 文献综述 |
1 小尾寒羊的研究概况 |
2 多羔基因研究概况 |
2.1 已知突变的多羔主效基因 |
2.2 已知遗传模式的主效基因 |
2.3 推定多羔主效基因 |
3 GDF9 基因研究进展 |
3.1 生长分化因子9 的结构、功能及调控 |
3.2 生长分化因子9 基因研究进展 |
4 SSCP 技术研究 |
4.1 SSCP 的建立与发展 |
4.2 PCR-SSCP 方法的原理 |
4.3 PCR-SSCP 的特点 |
4.4 PCR-SSCP 方法的应用 |
5 研究的目的和意义 |
第二部分 材料与方法 |
1 实验材料 |
1.1 实验样本的来源及采集方法 |
1.2 主要仪器设备 |
1.3 主要试剂 |
1.4 分析工具软件 |
1.5 主要药品及试剂的制配 |
1.6 PCR 扩增所用的引物 |
2 实验方法 |
2.1 实验样品DNA 的提取 |
2.2 绵羊GDF9 基因的PCR-SSCP 分析 |
2.3 统计方法 |
第三部分 结果与分析 |
1 绵羊GDF9 基因PCR 产物扩增结果 |
2 GDF9 基因SSCP 条件优化结果 |
2.1 凝胶浓度及组分的优化 |
2.2 电泳条件 |
2.3 GDF9 基因外显子的4 对引物PCR 产物的SSCP 结果 |
2.4 不同基因型个体的测序 |
2.5 氨基酸序列同源性比较 |
3 群体遗传学分析 |
3.1 GDF9 基因频率及基因型频率 |
3.2 Hardy-Weinberg 平衡状态的检验 |
3.3 不同绵羊品种GDF9 基因型分布独立性检验 |
3.4 GDF9 基因的杂合度、有效等位基因数和多态信息含量 |
3.5 GDF9 基因多态性与小尾寒羊高繁殖性状的相关分析 |
第四部分 讨论 |
1 实验材料的选择 |
2 侯选基因的确定 |
3 影响PCR 过程的因素 |
3.1 PCR 模板DNA 的质量 |
3.2 PCR 反应条件的影响因素 |
4 SSCP 检出率的影响因素 |
4.1 PCR 片段的长度 |
4.2 非变性聚丙烯酰胺凝胶成分 |
4.3 上样缓冲液与变性 |
4.4 电泳条件 |
5 SSCP 结果的分型 |
6 SSCP 检测结果和基因测序结果分析 |
7 SSCP 检测结果对小尾寒羊产羔数影响的分析 |
第五部分 结论 |
致谢 |
参考文献 |
作者简介 |
导师简介 |
四、PCR-SSCP灵敏度的影响因素(论文参考文献)
- [1]Lnc00055280调控鸡腹部前体脂肪细胞的功能及遗传效应研究[D]. 张闪闪. 扬州大学, 2021
- [2]食品中产毒真菌核酸检测方法的研究进展[J]. 张庆,赵晓美,王娉,刘冰,陈颖. 中国农业科技导报, 2021(03)
- [3]APC、p53、K-ras在结直肠肿瘤检测中的研究价值[J]. 肖丹,钟选芳,许岸高. 医学综述, 2015(21)
- [4]猪载脂蛋白A5基因克隆、表达与遗传变异的研究[D]. 郭晓红. 山西农业大学, 2013
- [5]猪繁殖性状相关基因遗传效应及表达规律的研究[D]. 吴井生. 扬州大学, 2013(04)
- [6]基于PCR-SSCP和微型条形码的威灵仙分子鉴定研究[D]. 安蕊. 北京中医药大学, 2013(08)
- [7]BMP15、BMP4基因在不同绵羊群体中的多态性分析及其与产羔数的相关性研究[D]. 任立坤. 河北农业大学, 2012(08)
- [8]猪GPAT基因克隆、变异和表达规律分析[D]. 杨俊静. 东北农业大学, 2012(03)
- [9]非小细胞肺癌EGFR和HER2基因突变的流行病学研究[D]. 奉水东. 中南大学, 2009(02)
- [10]GDF9基因多态性及其与小尾寒羊多羔性关系的研究[D]. 畅静桃. 甘肃农业大学, 2008(09)