一、西北太平洋柔鱼种群的聚类分析（论文文献综述）
方嘉琪[1]（2021）在《中国沿海近盲虾虎鱼亚科鱼类的系统发育及三个种类的分子系统地理学初步研究》文中认为近盲虾虎鱼亚科（Amblyopinae）隶属于鲈形目（Perciformes）、虾虎鱼亚目（Gobioidei）、虾虎鱼科（Gobiidae）,广泛分布于印度-西太平洋海域,在我国黄、渤海、东海、南海海域也有广泛分布。迄今该亚科已报道的国内有效种有9种,但近年来的研究发现,由于近盲虾虎鱼亚科鱼类在外部形态上颇为相似,有些种类存在同种异名现象;同时不少隐存种也被陆续发现,因此客观上需要对我国现存近盲虾虎鱼亚科物种分类及其系统发育进行深入研究,同时阐明其物种或种群的一般进化过程和驱动机制。因此本研究拟以中国沿海近盲虾虎鱼亚科鱼类为研究对象,首先采用DNA barcoding技术,结合形态学的测定对我国现存主要近盲虾虎鱼种类进行重新梳理和鉴定,发现可能存在的隐存种或同种异名现象;然后采用线粒体全基因组测定技术分析该亚科鱼类的线粒体基因组结构特征,构建系统发育树,阐明近盲虾虎鱼亚科的系统发育关系和物种演化过程,探讨其物种辐射进化的驱动机制;最后综合运用线粒体DLoop基因和核基因S7分子标记,对近盲虾虎鱼亚科三个种类的种群遗传学和分子进化进行研究,以期从种内群体水平探讨近盲虾虎鱼亚科物种的进化过程和驱动机制,为厘清我国近盲虾虎鱼亚科主要类群的系统发育关系和进化机制奠定基础。取得的主要结果如下:1.采用DNA barcoding技术对采集到的我国所有近盲虾虎鱼亚科种类的线粒体COI和ND2基因进行扩增,并构建其系统发育树,计算各种类间的K2P遗传距离,结果表明:系统发育树的构建支持将采集到的所有近盲虾虎鱼亚科种类划分为6属12种,在须鳗虾虎鱼属中鉴定到3个隐存种,它们分别是海南须鳗虾虎鱼（暂名Taenioides sp.hainan）、珠江口须鳗虾虎鱼（暂名Taenioides sp.zhujiang）和长江口须鳗虾虎鱼（暂名Taenioides.sp.changjiang）。遗传距离分析表明:基于COI基因,这3个隐存种与已知的须鳗虾虎鱼模式种的遗传距离达0.059-0.134,与各近盲虾虎鱼亚科种类间的平均遗传距离0.155相当;基于ND2基因,这3个隐存种与已知的须鳗虾虎鱼模式种的遗传距离达0.115-0.153,与各近盲虾虎鱼亚科种类间的平均遗传距离0.186也相近。进一步证实了鉴定到的3个隐存种可能为有效种。进一步采用形态学的测定方法对新发现的3个隐存种可数、可量性状进行测定,结果表明:鉴定到的海南须鳗虾虎鱼和珠江口须鳗虾虎鱼在头部腹面扁须数目上（7根）明显区别于须鳗虾虎鱼模式种（3对）,珠江口须鳗虾虎鱼在椎骨数目上（27枚）也明显区别于其他须鳗虾虎鱼（29枚）。同时3种须鳗虾虎鱼在头高/体长、头宽/体长、体高/体长、吻至胸鳍起点/体长、吻至腹鳍起点/体长、吻至肛门起点/体长这6个标准化指标上也存在显着性差异（p<0.05）。因而进一步证实了珠江口须鳗虾虎鱼、海南须鳗虾虎鱼和长江口须鳗虾虎鱼可能是3个有效种,通过ND2基因片段的Blast比对发现珠江口须鳗虾虎鱼和海南须鳗虾虎鱼与已报道的Taenioides.sp.Thailand、Taenioides.sp.Gracilis同源性极高,但在我国却为首次报道,因此可能为新记录种,而长江口须鳗虾虎鱼与已报道的须鳗虾虎鱼基因序列有较大的差别,因而可能应归为须鳗虾虎鱼新种。2.进一步对近盲虾虎鱼线粒体全基因组序列进行分析,结果表明:近盲虾虎鱼亚科鱼类线粒体基因组长度（16552-17245bp）符合现存硬骨鱼mt DNA基因组长度范围,碱基组成、基因排序等也与硬骨鱼类mt DNA的典型结构基本一致。但近盲虾虎鱼亚科鱼类线粒体基因组也有其自身特点,首先在近盲虾虎鱼亚科鱼类非编码的轻链复制起始区（OL区）中t RNA-Cys的5’端发现RNA引物与DNA合成转换区的保守序列5’-CCCGG-3’,这与大多鱼类中报道的5’-GCCGG-3’序列相比已出现了碱基的变异,推测碱基的替代可能形成了一种新的样式,从而影响轻链复制时RNA引物的合成功能或影响线粒体核糖核酸酶H的活性。其次在控制区识别到终止序列区（TAS）以及保守序列区块（CSB-1、CSB-2和CSB-3）,而并未识别到在其它硬骨鱼中普遍存在的中心保守序列（CSB-D、CSB-E和CSB-F）,这可能与其线粒体代谢及重链的复制有关。采用线粒体全基因组序列对我国近盲虾虎鱼亚科鱼类的系统发育与进化进行分析,结果表明:近盲虾虎鱼亚科在进化树中并不是单系群,与其亲缘关系最近的是背眼虾虎鱼亚科,并在系统发育树中相互嵌套,之后与瓢虾虎鱼亚科、拟虾虎鱼亚科形成姐妹群,最后与虾虎鱼亚科构成虾虎鱼科。该结果说明,近盲虾虎鱼亚科本身并不能独立构成单系群,对于近盲虾虎鱼亚科与背眼虾虎鱼亚科的分类关系,可能需要重新界定。为更深入揭示近盲虾虎鱼亚科的进化机制,我们进一步在线粒体基因组层面对近盲虾虎鱼亚科的适应性进化进行分析,以构建的虾虎鱼科ML系统进化树的聚类结果为基础,结合虾虎鱼生态型,将近盲虾虎鱼亚科与背眼虾虎鱼亚科分支标定为前景支,其他剩余的分支则为背景枝进行分支-位点模型检测。对每个基因分别进行正选择检测,结果显示,与其它类群相比,前景支在4个基因（ATP6、ATP8、ND2和ND4）中均筛选到了正选择位点,共检测到显着的正选择位点共16个（p<0.05）,这些变异或导致氨基酸的极性变化或导致蛋白质结构的变化,推测可能已使线粒体ATP合成和功能受到影响,该进化过程可能与近盲及背眼虾虎鱼亚科鱼类适应滩涂及潮间带洞穴中的耐低氧生活和对能量需求变化有关。该结果表明适应性进化可能在近盲虾虎鱼亚科的辐射进化和物种形成中扮演着重要角色。3.采用线粒体D-Loop基因和核基因S7对近盲虾虎鱼亚科中三种重要种类的种群遗传结构与分子进化进行研究。对中国沿海4个群体（丹东、青岛、连云港、上海崇明岛）的拉氏狼牙虾虎鱼（Odontamblyopus lacepedii）共89个样本进行种群遗传学和分子进化研究,结果表明:线粒体D-Loop基因共定义了47个单倍型,总单倍型多样性指数达0.950,总核苷酸多样性指数达0.0054,展示了较高的遗传多样性。ML聚类分析表明在研究海域内拉氏狼牙虾虎鱼群体间仅青岛群体有部分个体出现了明显的遗传分化,而其它群体间并无显着分化,群体间FST值也较小,在0.0175-0.1798之间,而群体间基因流Nm均较大,在2.2802-28.0877之间,仅青岛群体与其它群体的遗传分化达到了极显着（p<0.01）。AMOVA检验进一步证实分化主要来自于群体内部（90.36%）。基于分子钟理论推算,拉氏狼牙虾虎鱼群体的扩张时间大约在5.5-11.1万年前,处于更新世晚期,推测更新世晚期黄、渤海浅海陆架区裸露成陆,冰期后黄、渤海区拉氏狼牙虾虎鱼发生种群重植和群体扩张事件可能是拉氏狼牙虾虎鱼无显着种群遗传结构的重要原因。而核基因S7的分析结果则表明:基于83个个体共定义了74个单倍型,总单倍型多样性指数达0.997,总核苷酸多样性指数达0.0086,展示了较高的遗传多样性。ML聚类分析表明在研究海域内拉氏狼牙虾虎鱼群体间无显着分化,群体间FST值也较小,在-0.0053-0.0037之间,且均不显着,而群体间基因流Nm均较大,在-240.885-161.312之间。AMOVA检验进一步证实分化主要来自于群体内部（100.08%）。4个地理群体间的遗传距离均小于0.01,表明群体间几乎不存在遗传分化。该结果与D-Loop基因的研究结果稍有不同,其原因可能与核基因相比于线粒体基因的进化速率较慢,因而分辨率相对较低有关,但由于线粒体D-Loop基因的研究结果表明,青岛群体相对于其它群体已有统计学意义的显着分化,因而在今后的资源管理和保护中可能应区别对待。对中国沿海4个群体（温岭、瑞安、九龙江、珠江口）的瑞贝卡狼牙虾虎鱼（Odontamblyopus rebecca）共89个样本进行种群遗传学和分子进化研究,结果表明:线粒体D-Loop基因共定义了54个单倍型,总单倍型多样性指数达0.954,总核苷酸多样性指数达0.0087,展示了较高的遗传多样性。ML聚类分析表明在研究海域内瑞贝卡狼牙虾虎鱼4个群体分化成2个类群,类群A由九龙江群体、珠江口群体与温岭群体、瑞安群体部分个体组成,类群B由剩余温岭群体与瑞安群体个体组成。此外,单倍型网络图也佐证了这两个类群的分化。AMOVA检验进一步证实分化主要来自于群体内部（88.5%）,两个类群的分化指数为0.115,且达极显着（P<0.01）,表明瑞贝卡狼牙虾虎鱼种群存在中等程度的遗传分化。基于分子钟理论推算,两个类群的分化时间大约在5.5-11.0万年前,处于更新世晚期,推测更新世晚期海平面升降造成的地域分隔导致瑞贝卡狼牙虾虎鱼不同地理群体分化,随后分化的类群发生二次接触形成现有的瑞贝卡狼牙虾虎鱼谱系地理格局。核基因S7的分析结果表明:基于90个个体共定义了45个单倍型,总单倍型多样性指数达0.899,总核苷酸多样性指数达0.0057,展示了较高的遗传多样性。但基于核基因S7的ML聚类分析则表明:在研究海域内瑞贝卡狼牙虾虎鱼群体间无显着分化,群体间FST值也较小,在-0.0095-0.0015之间,且均不显着,而群体间基因流Nm均较大,在-82.3331-344.3276之间。AMOVA检验进一步证实分化主要来自于群体内部（100.71%）。4地理群体间的遗传距离均小于0.01,进一步表明群体间几乎不存在遗传分化。该结果与D-Loop基因的研究结果有所不同,其原因可能与核基因相比于线粒体基因的进化速率较慢,因而分辨率相对较低有关,但由于线粒体D-Loop基因的研究结果表明,温岭与瑞安群体相对于其它群体已有统计学意义的显着分化,因而在今后的资源管理和保护中可能应区别对待。对长江口及联通水域的6个群体（微山湖、骆马湖、洪泽湖、高邮湖、巢湖和太湖）的须鳗虾虎鱼（Taenioides.sp.changjiang）共104个样本进行种群遗传学和分子进化研究,结果表明:线粒体D-Loop基因共定义了12个单倍型,总单倍型多样性指数达0.748,总核苷酸多样性指数达0.0055,展示了较低的遗传多样性。ML聚类分析表明:在研究范围内须鳗虾虎鱼群体间已呈现显着的遗传分化,其中太湖与其他群体、骆马湖及微山湖与其他群体间的遗传分化最为显着（p<0.05）。各群体间的Fst值在-0.0340-0.6355之间,群体间的基因流在0.4117-9.6051之间。AMOVA检验进一步证实分化主要来自于群体内部（69.4%）,但仍有相当比重的遗传分化来自于群体间（30.6%）。推测须鳗虾虎鱼可能借助调水工程入侵到各大淡水湖泊后,种群遗传结构已发生了显着性改变,提示须鳗虾虎鱼可能是通过遗传物质的改变来适应新的入侵环境。核基因S7的分析结果则表明:基于111个个体共定义了17个单倍型,总单倍型多样性指数达0.501,总核苷酸多样性指数达0.0013,展示了较低的遗传多样性。ML聚类分析再次表明在研究区域内须鳗虾虎鱼种群间无显着的遗传分化,群体间FST值也较小,在-0.0287-0.2222之间,而群体间基因流Nm均较大,在-345.3276到209.5840之间。AMOVA检验进一步证实分化主要来自于群体内部（95.89%）。6个地理群体间的遗传距离均小于0.01,其原因可能也与核基因S7相比于线粒体基因的进化速率较慢,因而分辨率相对较低有关。但由于线粒体D-Loop基因的研究结果表明,须鳗虾虎鱼入侵过程中各群体间已有显着的遗传分化,对该遗传分化与其入侵成功的相关性还有待于今后进一步的深入研究。
崔国辰[2]（2021）在《大洋不同种柔鱼渔场时空分布及其对环境因子的响应》文中研究指明头足类被认为是世界渔业资源中三大未充分开发利用的种类之一,是人类未来重要的蛋白质来源。全世界头足类的可捕量为0.1亿-1亿t,2014年头足类产量达到峰值,全球产量为485.79万t,因此头足类资源的开发前景极其广泛,特别是大洋性柔鱼科资源。柔鱼科作为我国远洋渔业重要捕捞对象,其资源量年间波动明显,为了解不同种柔鱼资源种群变动及其对环境的响应,本研究分析渔业资源与渔场的分布、变化,根据渔场变化的海况信息帮助渔民及时调整作业区域,促进我国远洋鱿钓渔业的可持续发展。本文根据东太平洋茎柔鱼（Dosidicus gigas）、西南大西洋阿根廷滑柔鱼（Illex argentinus Castellanos）、印度洋鸢乌贼（Sthenoteuthis oualaniensis）、北太平洋柔鱼（Ommastraphes bartramii）（简称“巴特柔鱼”）的渔捞日志数据,结合相关海域的海水表面温度（SST）、叶绿素a浓度（Chl-a）数据,利用产量重心法研究各月份渔场位置变动,采用Arcgis 10.0软件可视化柔鱼渔场时空分布,通过广义可加模型拟合CPUE与各影响因子关系并绘图,最后比较不同海域间柔鱼渔场形成规律差异。本文研究结果如下:（1）对不同种柔鱼渔获量及CPUE变化研究结果表明:东太平洋茎柔鱼2019年12月至2020年4月各月渔获量呈先上升后下降趋势,2月渔获量最高;CPUE曲线除2月增加外,总体呈下降趋势。西南大西洋阿根廷滑柔鱼2014、2016–2018年渔获量呈先下降后上升趋势,2018年渔获量最高;年CPUE曲线除2014年高,其余年份总体呈缓慢波动趋势;除2014年外,其余年份各月渔获量呈先上升后下降趋势,渔获量峰值集中于2、3月;月CPUE曲线呈先上升后下降趋势,高CPUE常分布于1–3月。印度洋鸢乌贼2017年各月渔获量呈先下降后上升趋势,高渔获量集中于9–11月;CPUE呈先上升后下降趋势,8月CPUE最高。巴特柔鱼除6月急剧升高外,2019年各月渔获量整体呈先上升后下降趋势;CPUE曲线整体呈先上升后下降再上升趋势,高CPUE分布于6、7、9、10、11月。（2）对不同种柔鱼渔场分布及其与SST、Chl-a的研究结果表明:东太平洋茎柔鱼渔场重心集中分布于0°～3°S、105°W～114°W海域,不同月份渔场重心经向变化明显。GAM模型显示,东太平洋茎柔鱼渔场的最适SST范围是24.5～25.5°C,最适Chl-a范围是0.16～0.20mg/m3。西南大西洋阿根廷滑柔鱼渔场重心集中分布于45°S～47°S、59°W～61°W海域,除2014年外,2016–2018年各月份产量重心分布较为集中。GAM模型显示,西南大西洋阿根廷滑柔鱼渔场的最适SST范围是12～14°C;最适Chl-a范围是0.1～2.0 mg/m3。印度洋鸢乌贼渔场重心集中分布于12°N～16°N、58°E～63°E海域,渔场重心随月份变化呈先向西南推进,再往东北折回趋势。GAM模型显示,印度洋鸢乌贼渔场最适SST范围是26.0～27.5°C,最适Chl-a范围是0.2～0.4 mg/m3。北太平洋柔鱼渔场重心集中分布于38°N～45.5°N、173°W～176°W,38°N～45.5°N、160°E～165°E海域,GAM模型显示,巴特柔鱼渔场的最适SST范围是14～19°C,最适Chl-a范围是0.1～0.5 mg/m3。根据本文的研究结果,并参考相关文献资料,分析认为这一时期东太平洋茎柔鱼为小型群体,西南大西洋阿根廷滑柔鱼主要为夏季产卵群,印度洋鸢乌贼为大型群,北太平洋柔鱼主要为冬春生群。不同种柔鱼CPUE的分布变动与其生物学特性、渔船捕捞路线及海洋环境变动有关。东太平洋茎柔鱼12月至翌年4月CPUE随月份变化逐渐下降,是因为茎柔鱼产卵期为10月至翌年1月,个体产卵后死亡,此外茎柔鱼达性成熟胴长后进行洄游致使鱼群位置分散也是导致各月产量存在差异的原因;西南大西洋阿根廷滑柔鱼高CPUE分布于1–3月份,该时期夏季产卵群体的产卵场与作业海域重叠度高是原因之一;印度洋鸢乌贼各季节资源量存在差异导致各月份CPUE变化;北太平洋柔鱼CPUE不同是因为渔船转场,不同海域间捕捞对象存在差异。相比于单一环境因子、空间因子,时间因子对CPUE影响更为显着,这是因为影响机制复杂,除本文研究因子外,尚需考虑其他环境因素及其交互影响。
郑芯瑜,刘必林,孔祥洪,王雪辉[3]（2021）在《基于K-means动态聚类的鸢乌贼角质颚模式识别》文中认为本研究采用K-means动态聚类算法,对2014—2019年间采集于西北印度洋、热带东太平洋、中国南海的鸢乌贼（Sthenoteuthis oualaniensis）样本的角质颚进行识别。基于K-means动态聚类算法能够很好地区分来自3个海区的鸢乌贼,对数据进行z-score标准化后,任选2维角质颚形态学参数以曼哈顿距离和欧氏距离进行K-means动态聚类分析,总正确区分率分别为86.7%和88.7%。K-means动态聚类算法对于鸢乌贼角质颚的识别有很大的参考价值,后续改进优化K-means算法使其具有普适性,将会提高鸢乌贼种群的识别能力。
解明阳[4]（2020）在《基于灰色系统理论的北太平洋柔鱼渔情预报研究》文中进行了进一步梳理柔鱼（Ommastrephes bartramii）是大洋性头足类经济鱼种,广泛分布于西北太平洋海域,是我国鱿钓渔船的重要捕捞对象。开展柔鱼渔情预报是确保我国远洋鱿钓渔业科学生产的重要基础。在传统的数理统计方法中,对样本要求数量大,服从典型分布,这也增加了渔情预报的难度,而灰色系统理论可有效地解决这一问题。作为一门不确定系统理论的学科,其优点在于允许样本数量较少且服从任意分布,这对于缺乏数据的渔业科学来说,有很大的应用与发展前景。为此,本研究利用1995—2017年我国远洋鱿钓渔业的生产统计数据,结合海洋遥感环境因子（如海表面温度、叶绿素浓度数据和太平洋年代际震荡指数等）数据,利用灰色系统理论中的灰色关联、灰色聚类、灰色预测等方法,科学分析了不同年份、月份北太平洋柔鱼资源丰度的聚类特征,划分渔汛旺汛期和灾变年份,探索资源丰度变化与海洋遥感环境因子的关系,并实现渔汛旺汛期、灾变年份和资源丰度的预测研究,为北太平洋渔业生产企业的科学可持续开发和科学管理提供技术支撑。主要研究结果如下:（1）北太平洋柔鱼资源丰度灰色聚类特征。以单位捕捞努力量渔获量（CPUE）作为资源丰度指数,利用灰色关联聚类方法对1998—2017年5—12月柔鱼的资源丰度（CPUE）进行聚类,分析不同强度厄尔尼诺和拉尼娜事件以及环境因子对柔鱼CPUE的影响。结果表明,以经度平均CPUE聚类的年经度类群比年纬度类群差异明显,月经度类群比月纬度类群更具有季节性。包含两个强拉尼娜事件年份的类群2的CPUE最高,产卵场和育肥场的海表温度距平值（SGSSTA和FGSSTA）也最大,但叶绿素（Chl a）浓度距平值最低;包含3个弱拉尼娜事件的类群4的CPUE略低于年平均CPUE,海表温度距平值（SSTA）较大,Chl a浓度距平值接近于0;类群3的产卵场和育肥场的SSTA最小,但Chl a浓度距平最高。5—12月平均海表温度（SST）夏季高冬季低,产卵场和育肥场的海表温度（SGSST和FGSST）呈先增加后减小的趋势,8、9月份最高,11、12月份最低,与CPUE变化一致;Chl a浓度则恰好相反,5—7月份最高,8、9月份最低。研究认为,不同强度的异常气候事件是影响柔鱼资源丰度重要因素:强拉尼娜事件会使柔鱼资源丰度骤增,弱拉尼娜事件会使柔鱼资源丰度略减,而中强度以上的厄尔尼诺事件会柔鱼资源丰度大幅度下降。（2）北太平洋柔鱼渔汛特征分析及旺汛期预测。分析发现,北太平洋柔鱼发汛时间最早为5月12日,一直持续到年终;旺汛期为每年的8—11月,第1旺汛期基本上在8月出现。基于各年度的旺汛日期分布,建立了灰色波形预测GM（1,1）模型群,其模型的平均相对误差为6.83%,旺汛期日期序列预测的平均相对误差为8.19%,验证数据的平均相对误差为15.82%,此模型可用作预测北太平洋柔鱼的旺汛期。（3）北太平洋柔鱼资源丰度灾变年份预测。运用灰色灾变预测方法对上、下限灾变年份建立GM（1,1）,预测未来灾变年份。结果显示,以GLM模型标准化CPUE建立的下限灾变预测模型的平均相对误差为15.32%,上限灾变预测模型的平均相对误差为8.19%,模型精度检验等级均为Ⅰ级。研究认为,下一个资源丰年(CPUE大于2.39t·船-1·年-1)将出现在2021年,资源欠年(CPUE小于2.13 t·船-1·年-1)将出现在2027年。分析认为,太平洋年代际涛动与厄尔尼诺—拉尼娜事件是驱使柔鱼丰度大幅度波动的重要因素。（4）北太平洋柔鱼资源丰度预测模型的建立。采用GM（1,1）模型对不同时间长度的资源丰度（CPUE）进行分析,选择相对误差和方差最小的CPUE序列作为母序列,与太平洋年代际震荡指数（PDO）、产卵场平均海表温度（SGSST）、育肥场平均海表温度（FGSST）、产卵场平均叶绿素浓度（SGC）、育肥场平均叶绿素浓度（FGC）等因子进行灰色关联分析,并以此评价结果为基础分别建立6个不同阶数的灰色预测模型[GM（0,N）模型和GM（1,N）模型],筛选误差最小的模型作为预测柔鱼资源丰度的最佳模型。研究结果表明,以8年CPUE序列的建模为最佳,其平均相对误差最小,为6.28%;同时,GM（0,N）模型的预测精度普遍比GM（1,N）模型的要高,其中包含2月SGSST、10月FGSST、8月FGC和10月PDO的GM（0,5）模型为最优,拟合相对误差为3.87%,预测相对误差为1.18%,可作为预测北太平洋柔鱼资源丰度的最优模型。综上所述,通过对北太平洋柔鱼资源丰度的聚类特征,分析资源丰度变化与海洋遥感环境因子的关系,运用灰色系统理论对北太平洋柔鱼渔汛、灾变年份、资源丰度进行了预测并得到了较好结果,研究结果可为实现柔鱼的渔情科学预报提供了较为可靠的技术支撑。
王韫沛,陈新军,余为[5]（2020）在《西北太平洋柔鱼渔场重心变化及其与环境的关系》文中研究说明根据2004—2015年8—10月西北太平洋150°E～165°E和39°N～45°N海域的柔鱼（Ommastrephes bartramii）捕捞数据,分析了柔鱼渔场重心的年际和季节变化及其与海洋环境的关系,评估异常气候事件对柔鱼渔场海表面温度（SST）及渔场重心时空分布的影响。研究发现:8—10月柔鱼渔场适宜SST范围为13～22℃,且随着月份的增加而减小;渔场重心的年际和季节性变化显着,且季节性变化与柔鱼的洄游路线一致;各月份渔场重心的聚类结果均分为3类,分别对应正常气候条件、拉尼娜现象和厄尔尼诺现象;异常气候现象通过调控柔鱼渔场的适宜海表面温度范围,驱动渔场重心沿东北-西南方向移动:厄尔尼诺现象发生时,渔场SST降低,渔场重心向西南方向偏移;正常气候和拉尼娜现象发生时渔场SST升高,渔场重心向东北方向移动。
解明阳,陈新军[6]（2019）在《基于文献计量学的灰色系统理论在渔业科学中的应用研究进展》文中研究指明灰色系统理论是由我国学者首创的新型学科,在社会科学与自然科学的各个领域已得到广泛的应用。基于中国知网（CNKI）数据库文献检索到的136篇文献,运用文献计量学的方法,对灰色系统理论在渔业科学中的应用研究进行了系统地整理与分析,对未来的发展趋势与存在的问题进行了讨论。分析结果显示,1988年首次在渔业科学领域采用灰色系统理论研究,其成果和应用得到较为快速的发展。在研究内容上,渔业产业结构调整、渔业水域环境评价、产量预测等研究已较为成熟;在研究方法上,灰色关联法、灰色聚类分析、GM（1,1）模型预测等应用较为广泛。建议以后拓展渔情预报等方面的研究,深入探讨灰色理论原理,优化预测模型,最终开发出应用于渔业科学领域的灰色系统软件。
魏广恩,陈新军,李纲[7]（2018）在《西北太平洋柔鱼洄游重心年际变化及预测》文中认为柔鱼（Ommastrephes bartramii）是西北太平洋海域重要的经济头足类,海洋环境决定其资源的空间分布,通过研究其洄游路径的时空变化趋势与海洋环境之间的关系,来推测柔鱼资源的空间分布是当前渔业资源学研究重点,对于实际生产也有重大意义。利用系统聚类分析和神经网络,根据2004年—2015年我国西北太平洋鱿钓生产统计数据和环境数据,包括海表面温度（Sea Surface Temperature,SST）、海表面盐度（Sea Surface Salinity,SSS）和叶绿素浓度（chlorophyll concentration,Chl-a）数据,结合尼诺转化指数（Trans-Ni1o index TNI）,分析柔鱼洄游路径的时空变化和海洋环境之间的关系,预测柔鱼在海洋环境的影响下,洄游路径可能发生的变化。结果表明:柔鱼洄游重心的产量占比与洄游重心的离散度在10月和11月呈现出显着的负相关;洄游重心的纬度变化和TNI之间有着显着的正相关,而经度上并未呈现这一关系;研究利用神经网络模型建立了基于海表面温度、盐度和叶绿素浓度的柔鱼洄游路径时空变化的预测模型,预测结果显示,时间跨度在8—11月内,柔鱼洄游重心纬度上呈现南-北-南,经度上呈现出西-东-西的变化趋势,8月和9月预测洄游重心海域的产量占比为64%和68%,10月和11月,柔鱼种群进行产卵洄游。预测产量占比明显提高,预测海域产量占比为83%和89%。
魏广恩[8]（2018）在《北太平洋柔鱼渔场的时空分析与资源丰度的预测》文中指出柔鱼是北太平洋重要的经济种类,其中分布在北太平洋西部海域的冬春生群体是我国鱿钓船队的主要捕捞对象,该柔鱼资源给我国带来了巨大的经济效益和社会效益。近几年来,北太平洋柔鱼资源量出现了明显的波动,常造成捕捞投入过剩,给渔业生产和管理带来难度。目前对于准确预测柔鱼渔场时空间分布和资源变动规律尚存在一定难度。开展柔鱼渔场时空分析和资源丰度预测研究,准确掌握柔鱼渔场的时空分布和资源丰度的年际变动规律,是实现合理的生产投入和科学管理与柔鱼资源的可持续开发利用的重要因素。本研究的科学假设为:（1）柔鱼是高度洄游种类,生活史阶段经历产卵洄游和索饵洄游,时间跨度长,海域分布广。因此,柔鱼洄游遵循固定的洄游路径,因海域环境的变动,使其洄游路径发生年际变动。（2）柔鱼类为短生命周期种类,亲体产完卵后即死亡,其资源量多少都完全取决于上一代亲体所产生补充量以及补充量在进入渔业之前的存活率,环境变化对其早期生活史的孵化到稚仔鱼阶段产生重要影响。因此产卵场和索饵场环境因子对其资源补充量产生重要影响。本文根据我国北太平洋鱿钓的渔业数据,作业渔场海表面温度（Sea Surface Temperature,SST）、叶绿素浓度（Chlorophyll concentration,Chl-a）、海表面盐度（Sea Surface Salinity,SSS）、黑潮流量等海洋环境数据,分析柔鱼渔场的时空分布变动规律和洄游重心年际变动与海洋环境之间的关系;将标准化后的单位捕捞努力量（Catch Per Unit Fishing Effort,CPUE）作为北太平洋柔鱼资源丰度的相对指标,结合产卵场和索饵场最适海表面温度范围占总面积的比值,分析柔鱼资源丰度与产卵场、索饵场环境因子之间的关系,建立预测模型,为资源补充量的预测以及管理提供更加准确的依据。主要研究结果如下:（1）利用相关系数和基于熵权法的灰色关联评价方法,分析北太平洋柔鱼资源渔场的时空分布。结果表明:北太平洋海域160°E以东和以西海域存在明显差异。160°E以西海域,经度上,主要作业渔场分布在150°E159°E海域,其产量约占各年总渔获物的79%97%;纬度上主要分布在40°N44°N海域,其产量约占各年总渔获物的74.12%99.61%。160°E以东海域,主要分布在39°N40°N海域,其产量约占各年总渔获物的94.81%99.85%。相关系数分析表明:160°E以西海域,各年鱿钓产量在经、纬度上的空间分布模式基本相同,即作业渔场和各海域产量所占比重均未发生较大变化。160°E以东海域,各年鱿钓产量在经、纬度上的空间分布模式年际差异较大。灰色关联评价表明:160°E以西海域各年柔鱼资源丰歉次序为:2004年、2007年、2005年和2011年最好,2008年、2015年、2012年和2013年次之,2010年、2006年、2014年和2009年资源状况最差。160°E以东海域各年柔鱼资源丰歉次序为:2004年、2007年、2005年和2014年最好,2015年、2011年、2013年和2006年次之,2008年、2009年、2010年和2012年资源状况最差。（2）洄游路径的年际变化与海洋环境间的关系及其预测。结果表明:柔鱼洄游重心的产量占比与洄游重心的离散度在10月和11月呈现出显着的负相关;洄游重心的纬度变化和TNI之间有着显着的正相关,而经度上并未呈现这一关系;研究利用神经网络模型建立了基于海表面温度、盐度和叶绿素浓度的柔鱼洄游路径时空变化的预测模型,预测结果显示,时间跨度在8月—11月内,柔鱼洄游重心纬度上呈现南-北-南,经度上呈现出西-东-西的变化趋势,8月和9月预测洄游重心海域的产量占比为64%和68%,10月和11月,柔鱼种群进行产卵洄游。预测产量占比明显提高,预测海域产量占比为83%和89%。（3）不同海洋环境模态下,空间分辨率对CPUE标准化的影响。不同海洋环境模态下,对CPUE标准化产生重要影响的变量差异较大。160°E以西海域分别为年、纬度、SST以及交互项年与纬度、月与纬度;160°E以东海域分别为纬度、交互项年与纬度的交互、月与纬度。同一海洋环境模态下,不同的空间尺度的最适GAM模型对CPUE标准化结果不同,根据均方误差选取0.5°×0.5°和1°×1°分别为160°E东、西海域CPUE标准化的最适空间尺度。因此,在对北太平洋柔鱼商业性渔获数据进行标准化时,需要考虑因海洋环境模态以及不同的空间尺度,而导致的CPUE标准化所出现的差异。（4）基于产卵场和索饵场环境因子的柔鱼资源量预测。结果表明产卵场最终划分方案为5°×5°,索饵场为2.5°×4°较为合适。随机森林筛选出的与相关性分析筛选出的海域范围大致吻合,且随机森林对于识别与CPUE有特征关系的潜在海域的能力较为优秀。构建预测模型的预报结果表明,两种筛选标准所得相关海域构建的模型预报准确度都达到90%以上,随机森林筛选出的海域优于相关性分析,预报准确度更高。基于索饵场海域构建的模型相对于产卵场,模型精确度更高也更稳定。
易少奎[9]（2017）在《我国泥鳅属鱼类系统发育、群体结构及其适应性进化研究》文中进行了进一步梳理泥鳅属（Misgurnus）隶属于鲤形目（Cypriniformes）,鳅科（Cobitidae）,花鳅亚科（Cobitinae）。泥鳅属鱼类作为一类营底层生活鱼类,广泛分布于河流、湖泊以及稻田等水体中,具有较强的适应性。近年来,由于环境污染,不合理捕捞等因素,泥鳅属鱼类的自然群体显现出种群减少、体型小型化等趋势。本研究通过对我国泥鳅属鱼类物种资源开展调查与样本采集,系统地揭示了我国泥鳅属鱼类的自然分布格局,并结合形态学与DNA条形码方法对泥鳅属鱼类及其邻近种开展物种鉴定研究;基于已有鳅超科鱼类线粒体基因组,深入探讨了泥鳅属的进化地位以及属内物种系统进化关系;同时,基于分子标记探讨了我国泥鳅属物种主要分布区域的群体遗传结构;通过转录组数据,从基因水平阐明了我国3种泥鳅属鱼类的环境适应性与其特异的地理分布格局的关系;并从基因组层面探讨了泥鳅属物种的密码子偏好性,进一步揭示了物种进化关系以及密码子偏好性与基因表达量的相关性。本研究主要结果如下:1.我国泥鳅属鱼类分布、种间形态差异以及DNA条形码研究在我国各个水系中分布的泥鳅属鱼类包括以下3种:泥鳅（M.anguillicaudatus）广泛分布于我国除青藏高原外的大部分地区,以长江流域物种资源最为丰富,在松辽流域少量分布;北方泥鳅（M.bipartitus）分布于我国黄河以北地区各个水系,主要分布于松辽流域,海河流域部分水体中也有少量分布;黑龙江泥鳅（M.mohoity）的分布范围较为局限,仅分布在东北地区松花江部分水系。本研究基于资源调查结果,选取我国北方地区15个自然群体开展了4个物种（包括大鳞副泥鳅Paramisgurnus dabryanus）的12个形态学参数测量与比较分析。结果显示,4个物种的形态学参数十分接近,仅尾柄长存在显着性差异（P<0.05）,相较而言,北方泥鳅的尾柄最长,黑龙江泥鳅与大鳞副泥鳅次之,泥鳅尾柄最短;相比其余3个物种,黑龙江泥鳅则表现出更长的前躯长（DPR）;此外,3个泥鳅属物种的尾柄高与体宽存在显着差异（P<0.05）;聚类结果表明泥鳅与大鳞副泥鳅的外部可量性状更为接近,而北方泥鳅与黑龙江泥鳅形态学更为相近。形态学性状的相似性使得泥鳅属物种以及邻近种的鉴定存在难度,因此本研究基于cox1基因开展了泥鳅属物种与邻近种共计186尾样本的DNA条形码研究。结果表明,基于遗传距离方法、贝叶斯法以及特征值法均能有效进行泥鳅属物种及其邻近种的物种鉴定。2.基于线粒体基因组研究泥鳅属鱼类的进化关系及适应性进化本研究基于59种鳅超科鱼类线粒体基因组构建鳅超科系统发育树,探讨泥鳅属及其邻近物种的物种进化关系;同时,从基因与密码子层面揭示泥鳅属物种的环境适应性进化。结果如下:基于最大似然法与贝叶斯法构建鳅超科系统发育树的拓扑结构一致,鳅超科鱼类明显分为四大类群,其分类关系为（沙鳅亚科+（平鳍鳅科+（花鳅亚科+条鳅亚科）））,花鳅亚科中的泥鳅属鱼类没有形成一个单系类群,其中泥鳅属的黑龙江泥鳅,俄罗斯泥鳅（M.nikolskyi）与副泥鳅属（Paramisgurnus）以及高丽鳅属（Koreocobitis）鱼类聚为一支,泥鳅与北方泥鳅则跟花鳅属（Cobitis）鱼类聚为一支;PAML的自由比模型分别计算各个基因的替代速率显示,泥鳅属鱼类PCGs的Ka/Ks显着低于花鳅属与副泥鳅属的鱼类,基于分支位点模型分析结果显示cox2在泥鳅与北方泥鳅这一分支受到强烈的正向选择（ω=10.92,P<0.01）,其中BEB分析结果显示在其起始密码子ATG后的137 bp与217 bp位点为正向选择位点;基于21种花鳅亚科鱼类线粒体PCGs的RSCU值进行聚类分析结果显示,泥鳅属的黑龙江泥鳅,俄罗斯泥鳅以及副泥鳅属的大鳞副泥鳅聚为一支,且与高丽鳅属鱼类关系更近;泥鳅与北方泥鳅聚为一支,与花鳅属鱼类关系更近。3.泥鳅、北方泥鳅与黑龙江泥鳅群体结构本研究基于简化基因组测序技术对长江流域15个泥鳅群体开展群体遗传结构分析,结果表明在大部分群体中SNP标记的主要基因型占主导（>90%）,杂合度分布范围在0.031到0.097;长江流域泥鳅群体可分为两个亚群,长江上游群体与中下游的群体差异明显;FST计算结果显示,长江流域群体间遗传关系较远,存在一定程度的遗传分化,尤其是在上游群体与下游群体间存在遗传分化;基于遗传距离矩阵构建NJ树的结果显示,长江流域泥鳅分为了两大支系,其中上游群体构成了一大分支,中下游群体汇为了一支,与群体结构分群结果相吻合;主成分分析结果表明,除ZY群体外长江上游与中下游群体有着较为明显地区分,ZY群体与中下游的群体存在一些重叠交叉。同时,基于线粒体标记探讨了松辽流域北方泥鳅与黑龙江群体的遗传结构,在北方泥鳅与黑龙江泥鳅个体中分别鉴定出19与21个单倍型,北方泥鳅群体中除FUJ群体外,其余群体均表现出低核苷酸多样性与高单倍型多样性;黑龙江泥鳅则表现出高核苷酸多样性与单倍型多样性;AMOVA分析显示北方泥鳅与黑龙江泥鳅群体间均存在着显着的群体分化,错配分布与中性检验结果表明二者均未发生群体迅速扩张事件。4.泥鳅、北方泥鳅与黑龙江泥鳅适应性进化我国泥鳅属物种分布具有物种特异性,为探究泥鳅属物种的环境适应性,本研究基于转录组序列,通过与蛋白数据库比对,RPKM值过滤以及编码潜力计算,共鉴定出51个物种孤儿基因;同时筛选到1392个单拷贝直系同源基因,基于自由比模型计算Ka/Ks值,结果显示黑龙江泥鳅Ka/Ks值要显着高于北方泥鳅（P<3.39×10-7）与泥鳅（P<9.28×10-8）;其中,289个基因在黑龙江泥鳅中Ka/Ks值显着高于泥鳅与北方泥鳅（P<0.05）。为阐明3个特定谱系分支的特异性进化,通过分支位点模型鉴定出各个分支快速进化基因与正向选择基因。在3个泥鳅属物种中筛选到191205个快速进化基因与5063个正向选择基因;选取快速进化基因与正向选择基因二者交集后,共筛选到61个共有基因,GO富集分析显示这些基因在膜与膜组分两个条目中（P=0.033）显着富集。这些基因功能可以归纳为四类:（1）能量代谢;（2）膜;（3）信号转导;（4）细胞凋亡与增殖。在泥鳅分支中,cldn15lb与isca1基因分别鉴定出10个与6个正向选择位点,二者分别与细胞间钠离子转运以及铁硫簇组装功能相关。5.泥鳅、北方泥鳅与黑龙江泥鳅密码子偏好性基于3种泥鳅属鱼类CDS序列对物种密码子与密码子对使用偏好性进行了分析。结果表明,这3种泥鳅属鱼类的密码子使用偏好性十分相似;中性作图显示在3个泥鳅属物种中,自然选择对密码子偏好性占主导作用。在3个物种中均识别出了4个高频密码子,以及919个偏好密码子对;在泥鳅属鱼类中NUA和NCG密码子使用频率较低,nnUAnn为避免使用的cP3-cA1二碱基。同时,高表达基因中密码子GC3要显着高于低表达基因GC3;与之相反,ENC在高表达基因中显着低于低表达基因;基于每个氨基酸S/C值,统计高表达与低表达基因组中高S/C值氨基酸频率,结果显示在泥鳅属物种中高表达的基因显着偏向使用低S/C值的氨基酸。选取已有的24个脊椎动物基因组,分别提取CDS序列并计算RSCU后,聚类与主成分分析结果表明,相比哺乳类与鸟类,鱼类明显分为了两个分支,推测其原因为鱼类物种间存在较大的遗传变异。
史会来,平洪领,张涛,吕振明,孟浩,余方平[10]（2016）在《养殖曼氏无针乌贼（Sepiella japonica）的两性异形及判别模式的建立》文中研究表明两性个体的有效鉴别是曼氏无针乌贼高效繁育及养殖模式（如单性养殖）建立的基础。为研究曼氏无针乌贼主要形态指标及雌雄形态差异,测量了160只F1代曼氏无针乌贼的19项可测量性状及13项标准化性状。采用聚类分析、主成分分析和判别分析方法研究了曼氏无针乌贼同生群两性间的形态差异。结果表明:两性间可测量性状和标准化性状各有10项有显着性差异（P<0.05）;对标准化性状经过主成分分析和R-聚类分析均显示曼氏无针乌贼的两性的差异主要集中在辅助交配器官特征,头部特征,捕食器官和肥瘦特征以及体型特征等4个方面。在此基础上,通过逐步判别法从标准化性状中筛选出3项,即左3腕长/胴长、左4腕长/胴长及左触腕长/胴长,建立了雌雄的判别方程:雄性:F1=223.42X3+165.85X4+7.951X5–108.06;雌性:F2=151.48X3+92.71X4+19.19X5–60.38。所建立的判别方程,对样本群体的综合判别率达到95.00%。利用F2代亲体测量数据对判别函数进行识别验证,综合判别率达到85.34%。在判别方程中的3个标准化性状中,左3腕长/胴长和左4腕长/胴长在两性亲体间均存在显着的差异（P<0.05）,表明曼氏无针乌贼的雄性在性选择的作用下,交配器官存在显着差异。
二、西北太平洋柔鱼种群的聚类分析（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、西北太平洋柔鱼种群的聚类分析（论文提纲范文）
（1）中国沿海近盲虾虎鱼亚科鱼类的系统发育及三个种类的分子系统地理学初步研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 分子系统学概述 |
| 1.1.1 分子系统学基本原理 |
| 1.1.2 分子系统学常用分子标记(molecular marker) |
| 1.1.3 分子系统发育树的主要构建方法 |
| 1.2 分子系统地理学 |
| 1.2.1 分子系统地理学概述 |
| 1.2.2 分子钟假说 |
| 1.2.3 中性理论和分子进化 |
| 1.2.4 溯祖理论 |
| 1.2.5 分子系统地理格局一般模式 |
| 1.2.6 分子系统地理学的应用 |
| 1.3 我国近盲虾虎鱼亚科鱼类的研究概述 |
| 1.3.1 近盲虾虎鱼亚科鱼类生物学概述 |
| 1.3.2 我国近盲虾虎鱼亚科鱼类的系统发育与谱系地理学研究现状 |
| 1.4 本论文的研究目的及意义 |
| 第二章 基于线粒体基因barcoding与形态学分析的近盲虾虎鱼亚科物种鉴定 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 实验材料 |
| 2.1.2 实验仪器和主要试剂 |
| 2.1.3 实验方法 |
| 2.1.4 数据处理 |
| 2.2 结果 |
| 2.2.1 近盲虾虎鱼亚科鱼类COI和ND2 条形码序列特征分析 |
| 2.2.2 基于COI和ND2 序列的近盲虾虎鱼亚科鱼类的聚类分析和物种鉴定 |
| 2.2.3 疑似新种或新记录种的形态学测量与验证 |
| 2.3 讨论 |
| 第三章 基于线粒体基因组的我国近盲虾虎鱼系统发育和适应性进化分析 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 实验材料 |
| 3.1.2 实验仪器和主要试剂 |
| 3.1.3 实验方法 |
| 3.1.4 数据分析 |
| 3.2 结果 |
| 3.2.1 近盲虾虎鱼亚科鱼类线粒体基因组特征 |
| 3.2.2 基于线粒体基因组的近盲虾虎鱼亚科鱼类的系统发育分析 |
| 3.2.3 基于线粒体基因组的近盲虾虎鱼亚科鱼类的适应性进化分析 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 近盲虾虎鱼亚科鱼类系统发育关系探讨 |
| 3.3.2 近盲虾虎鱼亚科鱼类的适应性进化分析 |
| 第四章 三种近盲虾虎鱼亚科鱼类的分子系统地理学初步分析 |
| 第一节 中国沿海拉氏狼牙虾虎鱼分子系统地理学分析 |
| 4.1.1 材料与方法 |
| 4.1.2 结果 |
| 4.1.3 讨论 |
| 第二节 中国沿海瑞贝卡狼牙虾虎鱼分子系统地理学分析 |
| 4.2.1 材料与方法 |
| 4.2.2 结果 |
| 4.2.3 讨论 |
| 第三节 长江口联通水域Taenioides sp.changjiang分子系统地理学分析 |
| 4.3.1 材料与方法 |
| 4.3.2 结果 |
| 4.3.3 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 在读期间发表的学术论文及研究成果 |
| 附录 |
（2）大洋不同种柔鱼渔场时空分布及其对环境因子的响应（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 引言 |
| 1.1 研究背景 |
| 1.2 研究现状 |
| 1.2.1 国内外头足类资源研究 |
| 1.2.2 国内外GAM模型在渔业领域中的应用 |
| 1.3 研究意义与目的 |
| 1.4 研究内容和技术路线 |
| 1.4.1 研究内容 |
| 1.4.2 技术路线 |
| 第二章 材料与方法 |
| 2.1 数据来源及研究区域 |
| 2.1.1 生产调查数据 |
| 2.1.2 海洋环境数据 |
| 2.1.3 研究区域 |
| 2.2 数据处理 |
| 2.2.1 生物学采样及测定 |
| 2.2.2 生产数据及环境数据处理 |
| 2.3 数据分析及研究方法 |
| 2.3.1 基础生物学数据分析 |
| 2.3.2 CPUE与环境的关系分析 |
| 2.3.3 渔获重心估算 |
| 2.3.4 空间距离推算 |
| 2.3.5 GAM模型分析 |
| 第三章 大洋不同种柔鱼渔场分布及环境因子影响 |
| 3.1 茎柔鱼渔场分布及环境因子影响 |
| 3.1.1 体型与生长 |
| 3.1.2 繁殖与摄食 |
| 3.1.3 渔获量及CPUE月变化 |
| 3.1.4 CPUE与 SST、Chl-a关系 |
| 3.2 茎柔鱼渔场分布及环境因子影响讨论 |
| 3.2.1 基础生物学特性 |
| 3.2.2 渔获量及CPUE月变化 |
| 3.2.3 影响因子与 CPUE 关系 |
| 3.3 阿根廷滑柔鱼渔场分布及环境因子影响 |
| 3.3.1 渔获量及 CPUE 变化 |
| 3.3.2 产量重心变化 |
| 3.3.3 SST、Chl-a 月变化 |
| 3.3.4 CPUE、SST及Chl-a空间分布变化 |
| 3.3.5 GAM 模型分析 |
| 3.4 阿根廷滑柔鱼渔场分布及环境因子影响讨论 |
| 3.4.1 阿根廷滑柔鱼产量和CPUE的变化 |
| 3.4.2 渔场重心分布变化 |
| 3.4.3 环境因子对渔场的影响 |
| 3.5 鸢乌贼渔场分布及环境因子影响 |
| 3.5.1 渔获量及CPUE分布 |
| 3.5.2 产量重心变化 |
| 3.5.3 CPUE、SST及Chl-a空间分布月变化 |
| 3.5.4 GAM 模型分析 |
| 3.6 鸢乌贼渔场分布及环境因子影响讨论 |
| 3.6.1 鸢乌贼产量和CPUE的变化 |
| 3.6.2 产量重心分布变化 |
| 3.6.3 不同因子对渔场的影响 |
| 3.7 巴特柔鱼渔场分布及环境因子影响 |
| 3.7.1 渔获量及CPUE月变化 |
| 3.7.2 产量重心变化 |
| 3.7.3 CPUE、SST及Chl-a空间分布变化 |
| 3.7.4 GAM模型分析 |
| 3.8 巴特柔鱼渔场分布及环境因子影响讨论 |
| 3.8.1 巴特柔鱼产量和CPUE变化 |
| 3.8.2 产量重心分布变化 |
| 3.8.3 不同因子对巴特柔鱼渔场的影响 |
| 第四章 总结与展望 |
| 4.1 研究总结 |
| 4.1.1 不同柔鱼渔场群体组成 |
| 4.1.2 不同柔鱼丰渔期比较 |
| 4.1.3 影响因子与柔鱼资源的关系 |
| 4.2 研究不足与展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 在读期间发表的学术论文及研究成果 |
（4）基于灰色系统理论的北太平洋柔鱼渔情预报研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 引言 |
| 1.1 研究背景 |
| 1.2 灰色系统理论在渔业科学中的研究进展 |
| 1.2.1 文献计量学分析 |
| 1.2.2 灰色系统理论在渔业科学中的应用现状 |
| 1.2.3 存在的问题及展望 |
| 1.3 北太平洋柔鱼渔情预报研究进展 |
| 1.4 研究内容 |
| 1.5 技术路线 |
| 第二章 北太平洋柔鱼资源丰度的灰色关联聚类分析 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 数据来源 |
| 2.1.2 气候事件的定义 |
| 2.1.3 灰色关联聚类 |
| 2.2 研究结果 |
| 2.2.1 产量与CPUE变化 |
| 2.2.2 气候事件的划分 |
| 2.2.3 灰色聚类结果 |
| 2.2.4 不同类群的环境特征比较及其与CPUE的关系 |
| 2.3 讨论与分析 |
| 第三章 北太平洋柔鱼渔汛特征分析及旺汛期预测 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 数据来源 |
| 3.1.2 渔汛时间确定及旺汛期的划分 |
| 3.1.3 旺汛期预测模型 |
| 3.1.4 模型的检验 |
| 3.2 研究结果 |
| 3.2.1 渔汛特征分析 |
| 3.2.2 旺汛期分析 |
| 3.2.3 预测模型的建立与检验 |
| 3.3 讨论与分析 |
| 第四章 北太平洋柔鱼资源丰度灾变年份预测 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 数据来源 |
| 4.1.2 CPUE标准化 |
| 4.1.3 模型的构建与检验 |
| 4.2 结果 |
| 4.2.1 CPUE情况与灾变点 |
| 4.2.2 模型的建立与检验 |
| 4.3 讨论与分析 |
| 第五章 北太平洋柔鱼资源丰度预测模型的建立 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 数据来源 |
| 5.1.2 CPUE标准化 |
| 5.1.3 模型的构建 |
| 5.2 结果 |
| 5.2.1 CPUE序列的选择 |
| 5.2.2 灰色关联分析 |
| 5.2.3 预测模型的比较与选择 |
| 5.3 讨论与分析 |
| 第六章 结论与展望 |
| 6.1 结论 |
| 6.2 主要创新点 |
| 6.3 不足与展望 |
| 参考文献 |
| 攻读硕士期间的科研成果 |
| 致谢 |
（5）西北太平洋柔鱼渔场重心变化及其与环境的关系（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 研究海域 |
| 1.2 材料来源 |
| 1.2.1 渔业生产统计数据 |
| 1.2.2 水温数据 |
| 1.3 研究方法 |
| 1.3.1 渔场重心确定 |
| 1.3.2 捕捞努力量空间分布及其与SST |
| 1.3.3 聚类分析 |
| 1.3.4 异常气候事件判断 |
| 1.3.5 交相关分析 |
| 1.3.6 渔场重心和SST与异常气候事件关系 |
| 2 结果 |
| 2.1 8—10月渔场重心的时空变化 |
| 2.2 作业次数与SST的关系 |
| 2.3 渔场重心的聚类结果 |
| 2.4 异常气候事件对渔场内SST及渔场重心的影响 |
| 2.4.1 3个代表年份气候异常情况判断 |
| 2.4.2 SSTA与ONI的交相关分析 |
| 2.4.3 3个代表年份研究海域内SST情况 |
| 2.4.4 3个代表年份渔场重心的分布情况 |
| 3 讨论与分析 |
| 3.1 柔鱼渔场重心的年际和季节性变化 |
| 3.2 柔鱼渔场的适宜SST范围 |
| 3.3柔鱼渔场时空分布对SST及异常气候事件的响应机制 |
| 3.4 不足与展望 |
（6）基于文献计量学的灰色系统理论在渔业科学中的应用研究进展（论文提纲范文）
| 引 言 |
| 1 文献计量 |
| 1.1 材料与方法 |
| 1.2 结果与分析 |
| (1)年份分布 |
| (2)期刊分布 |
| (3)高被引文献分析 |
| (4)高产作者分析 |
| (5)地区和研究机构分析 |
| (6)关键词分析 |
| (7)研究方向分析 |
| 2 灰色系统理论在渔业科学中的应用进展 |
| 2.1 渔业经济产业 |
| 2.2 水产养殖业 |
| 2.3 捕捞渔船 |
| 2.4 渔业水域环境评价 |
| 2.5 渔情预报 |
| 3 存在的问题及展望 |
| (1)基础理论的探讨。 |
| (2)研究范围的延伸。 |
| (3)预测模型的加强。 |
| (4)灰色软件的开发。 |
（7）西北太平洋柔鱼洄游重心年际变化及预测（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 方法 |
| 1.2.1 柔鱼洄游路径分析 |
| 1.2.2 洄游重心的产量占比和离散度 |
| 1.2.3 洄游重心的系统聚类分析 (Hierarchical cluster analysis) |
| 1.2.4 洄游重心年间变动趋势与海洋气候因子之间的关系 |
| 1.2.5 神经网络模型预测洄游重心 |
| 2 结果 |
| 2.1 各月份柔鱼洄游重心变化和产量占比分析 |
| 2.2 柔鱼洄游重心产量占比及其离散度分析 |
| 2.3 系统聚类分析 |
| 2.4 洄游重心的变化趋势和海洋环境之间的关系 |
| 2.5 洄游重心的预测 |
| 3 讨论与分析 |
（8）北太平洋柔鱼渔场的时空分析与资源丰度的预测（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第一章 引言 |
| 1.1 研究目的和意义 |
| 1.2 国内外研究现状 |
| 1.2.1 头足类资源现状 |
| 1.2.2 种群结构及洄游分布 |
| 1.2.3 柔鱼渔场分布及其与海洋环境关系 |
| 1.2.4 适用于柔鱼渔情预报的模型 |
| 1.2.5 柔鱼资源量的研究 |
| 1.2.6 北太平洋柔鱼资源评估常用模型 |
| 1.2.7 研究现状和存在的问题 |
| 1.3 研究内容和技术路线 |
| 1.3.1 研究内容 |
| 1.3.2 技术路线 |
| 第二章 基于熵权法和灰色关联的北太平洋柔鱼资源与渔场的时空分析 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 渔获数据 |
| 2.1.2 分析方法 |
| 2.2 结果 |
| 2.2.1 渔获产量的时空分析 |
| 2.2.2 平均日产量的时空分析及其资源状况比较 |
| 2.3 讨论与分析 |
| 第三章 北太平洋柔鱼洄游路径的年际变化及预测 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 渔业数据 |
| 3.1.2 实验方法 |
| 3.2 结果 |
| 3.2.1 各月份柔鱼洄游重心变化和产量占比分析 |
| 3.2.2 柔鱼洄游重心产量占比及其离散度分析 |
| 3.2.3 系统聚类分析 |
| 3.2.4 洄游重心的变化趋势和海洋环境之间的关系 |
| 3.2.5 洄游重心的预测 |
| 3.3 讨论与分析 |
| 第四章 不同海洋环境模态下空间分辨率对北太平洋柔鱼CPUE标准化的影响 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 数据来源 |
| 4.1.2 方法 |
| 4.2 结果 |
| 4.2.1 三种空间尺度下作业渔场的空间分布 |
| 4.2.2 响应变量Ln(CPUE+)的统计分布检验 |
| 4.2.3 解释变量的显着性检验 |
| 4.2.4 GAM模型分析及最优模型选择 |
| 4.2.5 解释变量对CPUE的影响 |
| 4.2.6 标准化CPUE的比较 |
| 4.3 讨论与分析 |
| 第五章 基于西北太平洋柔鱼产卵场和索饵场环境因子的资源量预测 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 数据来源 |
| 5.1.2 实验方法 |
| 5.2 结果 |
| 5.2.1 产卵场和索饵场划分方案的确定 |
| 5.2.2 随机森林确定索饵场和产卵场海域 |
| 5.2.3 资源量预测 |
| 5.3 讨论与分析 |
| 5.3.1 相关性海域分析 |
| 5.3.2 随机森林重要性海域分析 |
| 5.3.3 模型评价 |
| 第六章 结论和展望 |
| 6.1 主要结论 |
| 6.2 存在的问题与展望 |
| 参考文献 |
| 硕士期间研究成果 |
| 申请的发明专利 |
| 参加科研项目 |
| 致谢 |
（9）我国泥鳅属鱼类系统发育、群体结构及其适应性进化研究（论文提纲范文）
| 摘要 Abstract 缩略语表 第一章 文献综述 |
| 1 泥鳅属鱼类研究概况 |
| 1.1 泥鳅属鱼类简介 |
| 1.2 泥鳅属的分类研究进展 |
| 2 鱼类线粒体基因组研究进展 |
| 2.1 泥鳅属鱼类线粒体基因组研究概况 |
| 2.2 线粒体基因组在鱼类系统发育研究中的应用 |
| 2.3 线粒体基因在鱼类群体遗传学研究中的应用 |
| 3 鳅科鱼类转录组学研究进展 |
| 4 鱼类简化基因组研究进展 |
| 4.1 简化基因组测序技术简介 |
| 4.2 简化基因组在鱼类中的应用 |
| 4.2.1 简化基因组在鱼类群体遗传中的应用 |
| 4.2.2 简化基因组在遗传图谱及性状定位中的应用 |
| 5 鱼类分子系统地理学研究进展 |
| 6 鱼类系统发育基因组学研究进展 |
| 7 本研究目的及意义 第二章 我国泥鳅属鱼类的资源分布、形态学与DNA条形码研究 |
| 1 前言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 物种资源调查与采集 |
| 2.2 形态学指标测量 |
| 2.4 基因组DNA提取与cox1扩增 |
| 2.5 DNA条形码数据分析 |
| 2.5.1 距离法条形码分析 |
| 2.5.2 贝叶斯法条形码分析 |
| 2.5.3 特征值法条形码分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 我国泥鳅属鱼类资源分布 |
| 3.2 形态学比较分析 |
| 3.3 DNA条形码分析 |
| 3.3.1 基于遗传距离的方法 |
| 3.3.2 基于系统发育树的方法 |
| 3.3.3 基于ABGD方法的物种鉴定 |
| 3.3.4 基于特征法的物种鉴定 |
| 4 讨论 |
| 4.1 我国泥鳅属物种资源分布 |
| 4.2 泥鳅属鱼类形态学差异 |
| 4.3 泥鳅属DNA条形码可行性 第三章 基于线粒体基因组研究泥鳅属鱼类进化关系及适应性进化 |
| 1 引言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 数据来源 |
| 2.2 序列分析与饱和度检验 |
| 2.3 系统发育树构建 |
| 2.4 线粒体基因适应性进化分析 |
| 2.5 基于线粒体基因组的密码子使用偏好分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 泥鳅属物种系统发育关系 |
| 3.2 选择压力分析 |
| 3.3 线粒体基因组密码子偏好性 |
| 4 讨论 |
| 4.1 泥鳅属鱼类的系统发育关系 |
| 4.2 泥鳅属线粒体基因适应性进化与密码子偏好性 第四章 我国泥鳅属鱼类群体遗传学研究 |
| 第一节 我国东北地区北方泥鳅与黑龙江泥鳅群体结构研究 |
| 1 前言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 北方泥鳅与黑龙江泥鳅样本采集 |
| 2.2 基因组DNA提取 |
| 2.3 cox1序列扩增与测序 |
| 2.4 群体遗传结构分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 北方泥鳅与黑龙江泥鳅群体遗传多样性指数 |
| 3.2 北方泥鳅与黑龙江泥鳅群体分化 |
| 4 讨论 |
| 第二节 我国长江流域泥鳅群体遗传学研究 |
| 1 前言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 泥鳅低覆盖度基因组测序 |
| 2.2 泥鳅GBS文库构建与测序 |
| 2.3 泥鳅群体GBS数据分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 SNP标记的筛选与鉴定 |
| 3.2 群体结构分析 |
| 3.3 群体间遗传多样性分析 |
| 3.4 系统发育树与主成分分析 |
| 4 讨论 第五章 我国泥鳅属鱼类温度适应性进化研究 |
| 1 引言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 样本采集 |
| 2.2 测序与组装注释 |
| 2.3 直系同源基因的筛选 |
| 2.4 替代速率与选择分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 转录组组装与注释 |
| 3.2 物种孤儿基因 |
| 3.3 直系同源基因鉴定与系统发育树 |
| 3.4 泥鳅属鱼类进化速率 |
| 3.5 快速进化基因与正向选择基因 |
| 3.6 正向选择位点 |
| 4 讨论 第六章 泥鳅属鱼类基因组密码子使用偏好性分析 |
| 1 前言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 序列获得与处理 |
| 2.2 密码子使用指标 |
| 2.3 识别高频密码子对、偏好使用和避免使用密码子对 |
| 2.4 密码子与氨基酸使用频率的表达量关联分析 |
| 2.5 聚类与主成分分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 泥鳅属鱼类基因间密码子分析 |
| 3.2 泥鳅属鱼类密码子与密码子对使用分析 |
| 3.3 密码子与氨基酸使用的表达关联分析 |
| 3.4 脊椎动物密码子使用模式的比较分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 泥鳅属物种密码子使用偏好 |
| 4.2 密码子使用与基因表达关联分析 |
| 4.3 脊椎动物基因组密码子进化 参考文献 附录 |
| 附录A 我国泥鳅属与副泥鳅属鱼类资源调查结果统计 |
| 附录B 四种泥鳅属鱼类线粒体基因组PCGs密码子使用偏好 |
| 附录C 长江流域泥鳅群体GBS测序数据统计 |
| 附录D 泥鳅、北方泥鳅与黑龙江泥鳅孤儿基因 |
| 附录E 泥鳅、北方泥鳅与黑龙江泥鳅正向选择基因 |
| 附录F 我国泥鳅属鱼类密码子使用偏好性 |
| 附录G 研究生阶段发表论文 致谢 |
（10）养殖曼氏无针乌贼（Sepiella japonica）的两性异形及判别模式的建立（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 生物学指标测定及形质评价指标计算 |
| 1.3 数据处理与分析 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 曼氏无针乌贼求偶和抱对行为观察 |
| 2.2 两性形态指标间的差异比较 |
| 2.3 两性亲体标准化性状间的差异比较 |
| 2.4 形态特征的主成分分析 |
| 2.5 标准化性状的R-聚类分析 |
| 2.6 曼氏无针乌贼雌雄个体的判别分析 |
| 3 讨论 |
| 3.1 曼氏无针乌贼两性间性状指标差异的原因分析 |
| 3.2 判别模式的建立及应用 |
四、西北太平洋柔鱼种群的聚类分析（论文参考文献）
- [1]中国沿海近盲虾虎鱼亚科鱼类的系统发育及三个种类的分子系统地理学初步研究[D]. 方嘉琪. 浙江海洋大学, 2021(02)
- [2]大洋不同种柔鱼渔场时空分布及其对环境因子的响应[D]. 崔国辰. 浙江海洋大学, 2021(02)
- [3]基于K-means动态聚类的鸢乌贼角质颚模式识别[J]. 郑芯瑜,刘必林,孔祥洪,王雪辉. 渔业科学进展, 2021(04)
- [4]基于灰色系统理论的北太平洋柔鱼渔情预报研究[D]. 解明阳. 上海海洋大学, 2020(03)
- [5]西北太平洋柔鱼渔场重心变化及其与环境的关系[J]. 王韫沛,陈新军,余为. 上海海洋大学学报, 2020(06)
- [6]基于文献计量学的灰色系统理论在渔业科学中的应用研究进展[J]. 解明阳,陈新军. 海洋湖沼通报, 2019(05)
- [7]西北太平洋柔鱼洄游重心年际变化及预测[J]. 魏广恩,陈新军,李纲. 上海海洋大学学报, 2018(04)
- [8]北太平洋柔鱼渔场的时空分析与资源丰度的预测[D]. 魏广恩. 上海海洋大学, 2018(05)
- [9]我国泥鳅属鱼类系统发育、群体结构及其适应性进化研究[D]. 易少奎. 华中农业大学, 2017(12)
- [10]养殖曼氏无针乌贼（Sepiella japonica）的两性异形及判别模式的建立[J]. 史会来,平洪领,张涛,吕振明,孟浩,余方平. 海洋与湖沼, 2016(04)